Az ügyben Lom-Ali Gajtukajevet és unokaöccseit - Rusztam, Ibragim és Dzsabrail Mahmudovot, valamint Szergej Hadzsikurbanovot gyilkossággal és tiltott fegyverátadással vádolják. A szóvivő szerint a nyomozó hatóság elegendő bizonyítékot gyűjtött össze.

A nyomozás eredményei szerint Lom-Ali Gajtukajev, az ismert csecsen "keresztapa" (aki egy Ukrajnában elkövetett emberölés miatt 2008 óta 15 éves börtönbüntetését tölti) szervezte meg Politkovszkaja 2006. október 7-én elkövetett meggyilkolását. Ő vonta be a gyilkosság előkészítésébe és végrehajtásába unokaöccseit, valamint Dmitrij Pavljuscsenkov rendőrtisztet. Ez utóbbi személy ügyét külön kezeli a központi nyomozó hatóság. 

A volt rendőrtiszt ugyanis együttműködött a nyomozókkal, elismerte bűnrészességét. Pavljucsenkov szerezte be a gyilkossághoz használt fegyvert, továbbá neki kellett felderítenie Politkovszkaja hollétét, napirendjét, napi mozgását. Hivatali helyzetét felhasználva a volt rendőrtiszt két alárendeltjét is bevonta a titkos megfigyelésbe, és az így szerzett értesüléseket továbbította Gajtukajevnek. 

Pavljucsenkovot tavaly decemberben tizenegy évi elzárásra ítélte egy moszkvai bíróság Politkovszkaja meggyilkolásában való bűnrészességéért.