Már az új, 25 tagú EU-ban került sor június 10-13. között az ötévente tartott EP-választásokra. Mivel az új tagországokban átlagosan csupán 26 százalékos volt a részvételi arány, az EU egészét tekintve a voksolási hajlandóság negatív rekordot döntött. A bővítés nyomán 626-ról 732 tagúra nőtt - ezen belül 24 magyar euroképviselőt számláló - EP legnagyobb politikai csoportja a jobbközép Európai Néppárt lett, amelyet a szocialisták, a liberálisok és a zöldek követnek, és megszaporodtak az euroszkeptikusok. Pártközi alkuk eredményeként - terminusának első felére - az EP a spanyol szocialista Josep Borrellt választotta elnökéül. A magyarországi választáson 38,5 százalékos volt a részvétel; a Fidesz-MPSZ a voksok 47,4 százalékát szerezte meg, így 12 képviselőt küldhetett az EP-be, akik a néppárti frakció tagjai, az MSZP 34,3 százalékot kapott (9 képviselő a szocialista frakcióban), az SZDSZ 7,7 százaléknyi szavazata két képviselőt jelent az EP liberális képviselőcsoportjában, az 5,3 százalékot begyűjtő MDF pedig egy fővel képviseli magát a néppárti frakcióban.
Az új EP hamar történelmet írt. A mandátumának végére ért Romano Prodi EB-elnök utódlásán összekapott uniós kormányok által második nekifutásra jelölt volt portugál miniszterelnök, José Manuel Durao Barroso júliusban megkapta a jóváhagyást a strasbourgi képviselőháztól is. A 24 fős brüsszeli testületbe a tagállamokból küldeni tervezett biztosok némelyikét azonban - köztük a magyar kormány által jelölt Kovács Lászlót - a parlamenti meghallgatáson rendkívül erős bírálatok érték. Az október 27-ére kitűzött, bukással fenyegető EP-szavazás előtt Barroso meghátrált, és a kormányfőkkel folytatott alku eredményeként a korábbi olasz és lett biztosjelöltet lecserélték, Kovács pedig másik - az energiaügyek helyett az adó- és vámügyi - tárcát kapott.
A november 22-én munkába állt új EB körüli perpatvar beárnyékolta az európai alkotmány aláírási ceremóniáját is. A megállapodást a kormányfők - magyar részről immár Gyurcsány Ferenc - október 29-én, az európai integrációt létrehozó római szerződés megkötésének színhelyén pecsételték meg. A közösségi döntéshozatalt megkönnyítő és demokratizáló, az alapvető jogok chartáját is magában foglaló európai alaptörvénynek azonban a 2007-re tervezett hatálybalépés előtt még át kell esnie a számos tagállamban népszavazással nehezített ratifikáción. Novemberben a litván parlament - elsőként - már el is fogadta azt.
Az uniós közhangulatra az idén is rányomta bélyegét a gazdasági növekedésnek a tavalyinál ugyan gyorsabb, de az USA-énál jóval lassúbb, mintegy 2 százalékos üteme és az eurónak az exportot nehezítő rohamos erősödése. Eközben az uniós versenyképességet javítani hivatott úgynevezett lisszaboni program jobbára eredménytelen maradt. A lassú gazdasági fejlődés nem segített az EU 2007-2013 közötti új hétéves költségvetéséről megindult vitának sem. A közösségi büdzsé nyáron nyilvánosságra hozott tervezetéről a decemberi kormányfői csúcsig egyre mélyült a tagállamok közti - a kiadásokat és a bevételeket egyaránt érintő - nézeteltérés.