Az 1945-ben kötött magyar-szovjet gazdasági egyezmény előirányozta egy közös hajózási társaság alapítását. 1946-ban a MFTR feladatkörét a Magyar-Szovjet Hajózási Rt. (Meszhart) vette át, amely a MFTR és a DTRT teljes hajóparkjából, valamint egyes olyan német vállalatok hajóegységeiből alakult meg, amelyek a potsdami konferencia határozata értelmében a Szovjetunió tulajdonába kerültek. Fentieken túl a magyar állam bérbe adta a Meszhartnak a csepeli Szabadkikötőt.
A Szovjetunió 1954-ben valamennyi magyarországi vegyes tulajdonú vállalatban lévő részesedését átadta a magyar félnek, így a Meszhartból megalakult a Mahart, amelybe nem sokkal később a Balatoni Hajózási Vállalat is betagozódott. Hajóparkja 1959-ben 52 vontató és áruszállító motor- és gőzhajó, 240 uszály, 52 személyszállító hajó volt. 1967-ben gazdaságtalansága miatt megszüntették a Duna-tengerhajózási profilt, viszont lendületes fejlődésnek indult az önálló tengerhajózás. Ennek fénykora az 1977-1983 közötti időszak volt, akkor a társaság 21 hajója járta a világot. A nyolcvanas években a tengerhajózási piac átalakult, s az évtized közepétől a sorozatos hajóselejtezések, illetve eladások lettek jellemzőek, s ma már nincs tengerjáró a Mahart tulajdonában.
Jelenleg a dunai folyamhajózás is mélyponton van. Egy évtized alatt az al-dunai hajózárlat miatt negyedére csökkent a nemzetközi áruszállítás. A bősi erőmű miatt a Duna jelentős magyarországi szakaszán a vízállás alacsony, a folyómeder szükséges kotrása pénzhiány esetleges, s a cég az 1992-ben elkészült Duna-Majna-csatornával megnyílt lehetőségeket sem tudja kihasználni az ahhoz szükséges hajópark híján. A társaság privatizálása hosszabb ideje napirenden van. Az elképzelések szerint 50 százalék plusz egy szavazat maradna tartós állami tulajdonban.