A katolikus egyházfő úgy vélte, hogy a 2000. év megfelelő időpont lesz a nyugalomba vonulásra, mivel abban az évben volt a kereszténység kétezer éves jubileuma, ő maga pedig akkor töltötte be 80. életévét.
A lengyel származású egyházfő 1982-ben még arra gondolt, hogy hazájában temetteti el magát. Később azonban úgy döntött, hogy végső nyughelyének meghatározását a bíborosi kollégiumra bízza. Végrendeletében a pápa nem hagy hátra semmilyen személyes vagyontárgyat és azt kéri, hogy égessék el személyes feljegyzéseit.
A testamentumban csupán két, még élő személyről történik említés, a néhai pápa személyi titkáráról, Stanislaw Dziwiszről és Elio Toaff róma főrabbiról. Utóbbi fogadta II. János Pált, amikor 1986-ban a római pápák közül először keresett föl egy zsidó imaházat.