Az igazgató még a tanév végén történt diáksztrájkok, tanári függelemsértések és egy diák iskolán kívüli öngyilkossága miatt a tantestület 22 tagja ellen kezdeményezett fegyelmi vizsgálatot az önkormányzat döntése alapján. Kurnász László igazgató az MTI-nek elmondta, az elbocsátott pedagógusok esetében a fegyelmi tanács megállapította, hogy a tanév végén "nem tartották meg óráikat a diáksztrájk alatt", az órák alatt nem tanítottak, hanem a gimnázium vezetése ellen hangolták a diákokat, valamint adminisztrációs hibákat vétettek. Hozzátette, a 22 tanárból a fegyelmi tanács végül 16 eljárást indított, ebből hetet elbocsátással zártak le, a többi pedagógus ügyét hétfőn ismertetik. Az azonnali hatállyal elbocsátott pedagógusok az MTI-nek elmondták, munkaügyi bírósághoz fordulnak.

Az esztergomi önkormányzat és a Szent István Gimnázium viszonya akkor romlott meg, amikor 2007-ben az intézményt egy várostól távol lévő ingatlanba költöztették és két hetet csúszott a tanévkezdés. A képviselő-testület akkor leváltotta az önkormányzat felelősségét hangoztató igazgatót és visszavonta az esetről tudósító újságíró feleségének igazgató-helyettesi megbízását. Az erről döntő ülésen tojással dobálták meg a polgármestert, majd 800 ember tüntetett a városháza előtt.

A tanév végén a diákok a gimnáziumban nem mentek be az órákra, többször tiltakozó gyűlést szerveztek, mivel az önkormányzat öt évre kinevezte a korábban egy évre megbízott igazgatót, akinek a pályázatát a tanárok, az alkalmazottak, az iskolaszék, a szülők és a diákönkormányzat is elutasította.

Az egyik gyűlésen V. Balázs az osztályteremben maradva felgyújtott egy újságpapírt, majd kiderült, hogy korábban egy padot is megégetett. A tanárok tetteiért felelősségre vonták, és beküldték az igazgatóhoz. A 16 éves fiú ekkor táskáját a padban hagyta, és a közeli síneken érkező vonat elé feküdt. Az önkormányzat akkori közleménye szerint "amennyiben a Szent István Gimnázium június 13-án ügyeletes, illetve órát adó tanárai, valamint osztályfőnökei az igazgató által adott utasítást követve, megtartják a tanórát, V. Balázsnak nem lett volna lehetősége fegyelemsértést elkövetnie és elkeserednie".

Az esetet követően a képviselő-testületi ülésen elvi döntés született arról, hogy egy "elitiskola" megteremtése érdekében megkezdik a Szent István Gimnázium és a Bottyán János Műszaki Szakközépiskola összevonásának vizsgálatát.