Az olimpiai bajnokot kábítószerrel kapcsolatos bűncselekmények miatt - távollétében - 2009. december 12-én jogerősen hét év fegyházbüntetésre ítélték. A Budapesti Rendőr-főkapitányság (BRFK) több hónapos felderítőmunka eredményeként 2004. október 14-én házkutatást tartott egy XVIII. kerületi családi házban, ahol több ezer tő, a marihuána alapanyagául szolgáló növényt találtak. A három gyanúsítottat - Farkas Károlyt, Farkas Pétert és egy harmadik férfit - a helyszínen őrizetbe vették. 

A büntetőperben először felmentő ítélet született, azt később a Fővárosi Bíróság hatályon kívül helyezte és új eljárást rendelt el. A sportolóra 2008 novemberében első fokon öt év fegyházbüntetést szabott ki a bíróság, testvérét hét évvel sújtotta kábítószerrel kapcsolatos bűncselekmények miatt. A többórás ítélethirdetés közben Farkas Károly rosszullétre hivatkozva szünetet kért, és a határozathirdetés folytatásakor már nem tért  vissza a tárgyalóba. Órákkal később újabb szünetet tartott a bíróság, azután már Farkas Péter sem ment vissza a terembe. 

Farkas Károlyt egy nappal később Vecsésen elfogták, az olimpikon azonban több mint egy évig külföldön bujkált. A másodfokú bíróság december 12-én Farkas Péter első fokon kiszabott büntetését két évvel, ötről hétre súlyosította, míg testvére, Károly hétéves és a harmadik vádlott hatéves büntetését helybenhagyta.

Farkas Pétert 2009. december 26-án Andorrában, egy hotelben fogták el. Tóth Gábor budapesti rendőrfőkapitány másnap sajtótájékoztatón jelentette be az elfogás tényét. Az Igazságügyi és Rendészeti Minisztérium február 3-án tudatta az MTI-vel, hogy az andorrai hatóság kiadta Magyarországnak Farkas Pétert. Ettől az időponttól számítva az ORFK Nemzetközi Bűnügyi Együttműködési Központ munkatársainak harminc napjuk van arra, hogy az olimpiai bajnok birkózót Magyarországra szállítsák.