A migránsok elosztására vonatkozó kvótarendszer hasonló veszélyeket rejt járványügyi szempontból, mint a menekültáradat Beneda Attila szerint, aki az M1 reggeli műsorfolyamában nyilatkozott. A helyettes államtitkár szerint is csökkent a határzár bevezetése után a járványveszély, ám szerinte az eltérő kulturális környezetből érkező emberek letelepítése veszélyes lehet egészségügyi szempontból is. Beneda nem említette a határ menti szűrések arányát, melyekről korábban az országos tisztifőorvos is beszámolt, aki pont azt emelte ki, hogy nincs járványveszély, csak járványügyi kockázat, például minden rászoruló gyereket sikerült beoltaniuk a szükséges vakcinákkal.

Beneda szerint azonban a menedékkérők eltérő belső baktériumflórával rendelkeznek és nem természetes számukra az egészségügyi szűrés, illetve az oltások alkalmazása. További gondot okozhat, hogy Afganisztánban és Pakisztánban ma is magas a járványos gyermekbénulásos esetek száma. A veszély hangsúlyozását annak ellenére is fontosnak tartotta, hogy szerinte a migránsáradat kezelésekor jelesre vizsgázott a magyar egészségügyi ellátórendszer, melynek keretében mintegy 350 millió forintot költöttek a menekültek gyógykezelésére.