Megnövelt finanszírozási igényt jelentett az áfa le nem vonható részre, és aránytalanul felbruttósította a támogatás összegét, ezért az elmúlt években folyamatosan támadták azt a jogszabályt, amelyet az Európai Közösségek Bírósága most az uniós előírásokkal ellentétesnek minősített. Az állami támogatások felhasználásával megvalósított beszerzések áfa tartalmának levonási tilalmával kapcsolatos szabályokat a Parat Kft. támadta meg az EU-nál és a per megnyerésével majd 2 év (2004. május 1-től 2005. december 31-ig) ilyen típusú támogatásainak áfá-ja vált visszaigényelhetővé.

„Az eljárás egy korábbi, akkor is vitatható korlátozást törölt, ami üdvözlendő, ám az eljárás technikája kevéssé korrekt és kevéssé nagyvonalú, mivel jelentősen korlátozza az adózók számára az önellenőrzésre nyitva álló időt és a kártérítés összegét.” – hangsúlyozta Szolnoki Béla, a BDO Forte Könyvvizsgáló, Adó- és Pénzügyi Szolgáltató Kft. adópartnere. Mint elmondta, az érintett időszakra az önellenőrzés október 20-i határideje jogvesztő, és ha ennek során az adózó hibát vét, - jogtalannak ítélik a visszaigénylését -, akkor jelentős bírságot vetnek ki rá. Az adózót - ha bevallásában téved, illetve e miatt kevesebb adót fizet be - az általános 50%-os bírságon kívül a kérdéses összeg után a jegybanki kamat duplájának megfelelő késedelmi pótlék terheli. Ezzel szemben a 2004-2005 óta eltelt időszakra csak a jegybanki kamatnak megfelelő pótlékot kapja. Ráadásul az adózó ebben a helyzetben kicsit úgy is érezheti, hogy magát jelenti fel, mivel a szabályok szerint ez a speciális önellenőrzés ismételt ellenőrzésre irányuló kérelemnek tekinthető, ha már APEH által lezárt időszakról van szó.

„Az EU döntése nyomán a Magyarországon esedékes adó visszatérítések az államháztartási kiadások nagyságrendjéhez képest jelentősek is lehetnek, de ezt próbálja limitálni a módosító törvény azáltal, hogy eleve korlátozza a rendelkezésre álló időt és a kártérítési pótlékot. Ennek nyomán előfordulhat, hogy a nyár elteltével – a szabadságokkal - az adóalanyok kifutnak a visszaigénylésből és így relatíve javul a költségvetés egyébként nem rózsás helyzete.” – fejtette ki Szolnoki Béla.

 Az uniós döntés és az ennek nyomán meghozott magyar jogszabályváltozás következményeképpen az érintett áfa alanyok az állami támogatásból finanszírozott beszerzéseik esetében önellenőrzéssel módosíthatják áfa-bevallásukat, és az ÁPEH köteles az adót 30 napon belül visszatéríteni nekik. Ez akkor is igaz, ha az adózót, korábban e címen jogosulatlan áfa-visszaigénylés miatt megbüntették, ilyenkor a bírság és a kivetett korábbi büntetőkamat is visszajár. Azon cégeknek érdemes megvizsgálniuk a könyveiket 2004-2005-re, amelyek ellenértéknek nem minősülő, adóalapot nem képező támogatást kaptak az érintett időszakban, és amely támogatásokból finanszírozott beszerzések áfáját nem vonhatták le, vagy csak a nem támogatásból finanszírozott hányad erejéig arányosítva helyezhették levonásba. Ezen cégek most utólag érvényesíthetik a levonási jogukat. Lényeges, hogy ez alól az előcsatlakozási pénzből (ISPA, Phare, Sapard) kapott támogatás kivétel.

„A változás elsősorban a beruházó, vagy valamilyen tárgyi eszköz beszerzést végző vállalatokat, köztük nagyvállalatokat, de a kis- középvállalkozásokat is érinti.” – fejtette ki Szolnoki Béla. A visszatérítésre jogosult adózó az érintett időszakban készített adóelszámolások és az azok alapján benyújtott bevallások módosításával állapíthatja meg, hogy mekkora összeggel fizetett többet, illetve mekkora összeg visszatérítésére jogosult, valamint milyen összeg után illeti meg a kártalanítás, illetve emiatt korábban jogosulatlanul megbüntették-e. A módosítást önellenőrzés keretében a 2009. október 20-ig kell benyújtani, jelölve az Európai Közösségek Bírósága döntése miatti benyújtás tényét. Az adózót a jegybanki alapkamattal megegyező kártalanítás illeti meg az önellenőrzés benyújtásának napjáig. Tehát elő kell venni a bevallásokat és megnézni az analitikákat, az arányosítás jogalapját, alapját, és elkészíteni az önellenőrzést.