Az APEH 2009-ben a korábbi éveknél jóval több esetben, 141 alkalommal vizsgálta kifejezetten a transzferárakat tartalmilag az adóellenőrzések során, aminek eredményeként 1,1 milliárd forintnyi adókülönbözetet állapított meg, ami jól mutatja, hogy az adóhatóság egyre nagyobb figyelmet fordít a kapcsolt vállalkzások ármegállapítási módszereire  - figyelmeztet Veszprémi István, a Deloitte Zrt. adópartnere. 

Az APA eljárás során az adóhatóság az adózó kérelme alapján határozatban állapítja meg a kapcsolt vállalkozások közötti ügyletben alkalmazandó piaci árat és/vagy módszert, amihez alapvetően 120 nap áll a rendelkezésére. Az így megállapított ár ezt követően 3-5 évre kötelező az adóhatóságra nézve, vagyis egy ellenőrzés során ezzel ellentétes megállapítástól már nem kell tartani. A Deloitte tapasztalatai szerint a cégek körében az elmúlt években némileg nőtt ugyan az érdeklődés az APA iránt, sokan viszont még mindig nem ismerik, vagy nem értik igazán, hogy miben jelenthet segítséget cégük számára az eljárás.

Gyakori tévedés, hogy sokan azt hiszik, az APA rendszer lényege, hogy meghatározott díj ellenében az APEH elkészíti helyettük transzferár dokumentációjukat, amit a későbbiek során majd elfogad az ellenőrzéseknél. Ezzel szemben az adott ügyletekre vonatkozó transzferár-dokumentációt természetesen az adózónak kell elkészítenie, mindezt egyeztetési folyamat kíséri, az APEH határozat pedig az eljárás végeredménye, amelyben a hatóság jóváhagyja, vagy elutasítja az adózó által kért módszert, árat, vagy piaci ártartományt.
Az eljárás díja 500 ezer és 10 millió forint között mozoghat attól függően, hogy a cég milyen eljárást kér, és mire irányul a megállapítás. Egyelőre az úgynevezett egyoldalú eljárások az elterjedtebbek, ahol a díj meghatározásában a fő szerepet az játssza, hogy a cég hagyományos transzferárazási módszert alkalmaz, vagy egyéb módszert, továbbá az, hogy kéri-e a szokásos piaci ár összegszerű megállapítását, vagy sem.
 
Mindenképp érdemes az egyszerűbb ügyletek során is megfontolni a hatósági ármegállapítás kérelmezését, hiszen a társaság csak így lehet biztos abban, hogy tranzakciójának árképzését az adóhatóság egy esetleges vizsgálat során nem fogja kifogásolni. Az APA segítséget jelenthet a jövőbeli kockázatok minimalizálásában, egyúttal adótervezési célokra is felhasználható. Amennyiben a vállalat nem él a lehetőséggel, sokszor idő- és költségigényes jogorvoslati procedúrának teszi ki magát, amennyiben az adóhatóság adókülönbözetet állapít meg. A tapasztalatok szerint a cégek sajnos még mindig vonakodnak önként átadni transzferár-politikájukat az APEH-nak, pedig az APA esetében a módszernél egy konstruktív egyeztetési eljárásról van szó, amelynek során az adózó, az adóhatóság és az esetleges külső tanácsadó is azt próbálja közösen meghatározni, hogy melyik az a módszer, vagy ártartomány, amely mindenki számára elfogadható. 

A hagyományos kapcsolt vállalkozások közti ügyleteket (például késztermék adás-vétel, vállalatközi kölcsön, menedzsment, vagy IT szolgáltatások nyújtása) standard módszerekkel alá lehet támasztani. Vannak viszont nagyon speciális tranzakciók is a kapcsolt vállalkozások között (például a gyártás áttelepítése más országba, cégeladás, üzletág eladás), amelyek jellemzően igen nagy összegű tranzakciók, ezért nem képezhetőek le a hagyományos transzferárazási módszerekkel. Ilyen ügyleteknél még nagyobb jelentősége van annak, hogy egy olyan külső fél is részt vegyen az APA eljárási folyamatban, amely ismeri a vállalatértékelések nemzetközileg elfogadott gyakorlatát, és erre tekintettel értékeli a tranzakciókat.