A Paul Kagame elnök által 2007-ben kezdeményezett vizsgálat szerint Habyarimana saját belső köre tervezte meg a merényletet, amellyel azt akarták megakadályozni, hogy létrejöjjön az elnök és az akkor még a lázadók élén álló Kagame közötti megállapodás a hatalom megosztásáról. Habyarimana éppen Tanzániából repült vissza a béketárgyalásokról, és arra készült, hogy megkezdje Kagame lázadóinak integrálását a ruandai hadseregbe, amikor meggyilkolták.

A jelentés szerint az elnök meggyilkolását Theoneste Bagosora ezredes tervelte ki. Bagosorát, aki 15 évvel ezelőtt a mészárlásokat végrehajtó ruandai hadsereg és a hutu törzsi milíciák parancsnoka volt, 2008-ban életfogytig tartó börtönre ítélte egy ENSZ-bíróság.

Habyarimana gépének lelövése évekig tisztázatlan volt, számos vizsgálat indult a részletek felderítése érdekében. 2006-ban egy francia bíró Kagame többségében tuszikból álló lázadócsoportját a Ruandai Hazafias Frontot (RPF) gyanúsította meg azzal, hogy lelőtte a repülőgépet. A népirtásnak mintegy 800 ezer áldozata volt, a legyilkoltak nagy része a kisebbségben élő tuszi törzshöz tartozott, de öltek meg mérsékelt hutukat is.