Hadzicot, aki a horvátországi szerbek bábállamának, a Krajinai Szerb Köztársaságnak az elnöke volt, a Belgrádtól száz kilométernyire északra, a vajdasági Fruska Gora hegységben, Krusedol falu közelében szerdán fogták el a szerb titkosszolgálat (BIA) emberei, majd Belgrád kiadta a hágai törvényszéknek. Hadzicot megérkezése után Szerbia hollandiai konzuljának a jelenlétében átadták a törvényszék és az ügyszég képviselőinek. Ezt követően a törvényszék Rotterdamtól 20 kilométerre lévő hágai börtönébe szállították.

A hágai Nemzetközi Törvényszéken 2004 nyarán készült el a vádirat ellene, amelyben 14 vádpontban háborús és emberiesség elleni bűntettekkel vádolják. A törvényszék szerint Hadzic felelős azért, hogy a jugoszláv néphadsereg (JNA) és szerb szabadcsapatok a mai Horvátország keleti részén a horvát függetlenségi háborúban (1991-1995) megöltek több száz embert - horvát hadifoglyokat -, több ezer embert elűztek, táborokba zártak, megkínoztak, bántalmaztak, kifosztottak.