A dán politikust 2009 áprilisában választották ki a posztra, és még az év nyarán hivatalba lépett. A megbízatás alapértelmezés szerint négy évre szól, de Rasmussen elődje, a holland Jaap de Hoop Scheffer szintén öt évig töltötte be a NATO legfőbb civil  politikai vezetői tisztségét.

A most 59 éves Rasmussen vezetésével a NATO átfogó szervezeti reformokba vágott bele. Emellett a szövetség legfontosabb műveletét, az afganisztáni missziót illetően a NATO úgy döntött, hogy 2014 végéig kivonja harcoló erőit a közép-ázsiai országból, ami jelentős szervezési tevékenységet - a vezetést illetően pedig nyilvánvalóan folyamatosságot - igényel.

A mandátumhosszabbítás után tartott sajtótájékoztatón Rasmussen arról beszélt, hogy hivatali utódjának a fő figyelme Afganisztánnal kapcsolatosan immár arra fog irányulni, hogy 2015-től pontosan milyen jellegű új misszió keretében tartják fenn a NATO-jelenlétet. Az atlanti szövetség vezette nemzetközi erő, az ISAF távozása után - korábbi NATO-közlések szerint - az ország biztonságának fenntartásáról az afgán fegyveres erők gondoskodnak majd, de azok továbbra is segítséget kapnak a nyugati szövetségtől, főként a folytatódó kiképzés formájában.

A 2014 utáni afganisztáni NATO-elkötelezettség felvázolása lesz az egyik téma a tagállamok védelmi minisztereinek jövő héten Brüsszelben tartandó kétnapos tanácskozásán is. NATO-források nem hivatalos közlése szerint felmerült, hogy ebbe az új misszióba is bevonjanak a katonai szövetségen kívüli országokat - így például Ausztráliát, Finnországot, Grúziát, Svédországot, Ukrajnát és Új-Zélandot.