A merénylet időzítéséből arra lehet következtetni, hogy belföldi szélsőségesek az elkövetők. Hétfőn volt Massachusetts államban – amelynek Boston a székhelye – a hazafiak napja, amelyen az amerikai függetlenségi háborúra emlékeznek.

Április 15. egyébként az Egyesült Államokban az adóbevallás határideje, és az adófizetési kötelezettség több államellenes csoport számára központi probléma. Ezen a héten van két korábbi nagyobb merénylet évfordulója is: az 1993-as wacói ostromé és az 1995-ös oklahomai robbantásé.

A texasi városban 1993-ban elbarikádozta magát egy erőszakos cselekményekért és más jogsértésekért körözött szektavezető nyolcvan fanatikus hívével együtt. Az FBI ostromzár alá vette az épületet. A patthelyzetnek az vetett véget, hogy az épületben tűz ütött ki, és a szektatagok tűzhalált haltak.

Oklahoma Cityben pedig egy öbölháborús veterán, a később halálra ítélt és kivégzett Timothy McVeigh hajtott végre merényletet a wacói események második évfordulójára időzítve. A pusztító robbantásban 170 ember meghalt, csaknem 700-an megsebesültek, az anyagi kár meghaladta a 650 millió dollárt. 2001. szeptember 11-ig ez volt az Egyesült Államok területén elkövetett legsúlyosabb merénylet.

A másik teória szerint a bostoni robbantás elkövetői közvetlenül vagy közvetve radikális iszlamistákkal állhattak kapcsolatban. Ezt a verziót erősíti, hogy két robbanás történt gyors egymásutánban, ami az al-Kaida terroristahálózatra jellemző módszer. Egy magát az al-Kaida jemeni szárnyának nevező csoport honlapján olvasható egy angol nyelvű felhívás a nyugaton élő muszlimokhoz, hogy a maguk szerény eszközeivel hajtsanak végre merényleteket ott, ahol élnek. A honlapon van egy részletes leírás arról, hogy miként lehet házilag robbanószerkezetet készíteni.