Anatolij Szergyukovot gondatlanságból elkövetett károkozásával vádolják, mert szóbeli utasítást adott arra, hogy katonákkal közpénzből utat építsenek egy elitüdülőhöz a dél-oroszországi Asztraháni területen. Az okozott kár mértékét 56 millió rubelre (mintegy 370 millió forint) becsülik. A munkálatokat katonákkal végeztették el. A Zsitnoje nevű üdülő tulajdonosa Szergyukov sógora. Ha perre kerül sor, és bűnösnek találná őt a bíróság, akkor javító-nevelő munkára vagy háromhónapnyi elzárásra ítélhetik a volt minisztert. 

Szergyukovot az orosz védelmi minisztériumhoz tartozó Oboronszervisznél és a Szlavjanka nevű cégnél kirobbant, több milliárd rubelre rúgó ingatlanpanama miatt váltották le tavaly november elején. A volt miniszter eddig csak tanúként szerepelt az ügyben, de a kihallgatásokon többször megtagadta, hogy válaszoljon a vizsgálók kérdéseire. Alekszandr Basztrikin, az orosz Szövetségi Nyomozó Bizottság vezetője egy hete kijelentette, hogy a volt orosz védelmi miniszter helyzetében változás állhat be, "aminek mindenki örülni fog".  

Az utóbbi évek legnagyobb mértékű, a feltételezések szerint 6,7 milliárd rubel (majdnem 50 milliárd forint) kárt okozó visszaélési ügyét tavaly október végén kezdték vizsgálni az orosz védelmi minisztériumhoz tartozó cégeknél. A gyanú szerint azok áron alul értékesítettek több nagy értékű ingatlant, amelyek korábban a védelmi tárca tulajdonában voltak.  

Szergyukov sajtóhírek szerint bizalmas viszonyban állt az ingatlanpanama egyik fő gyanúsítottjával, Jevgenyija Vasziljevával. A védelmi minisztérium korábbi ingatlanosztályának vezetője tavaly november vége óta házi őrizetben van. A Szövetségi Nyomozó Bizottság szóvivője időközben közölte, hogy Vasziljeva nyilatkozatokat adott a sajtónak, amelyekkel szerintük a beosztottjainak küld üzeneteket, ezért el akarják érni, hogy a bíróság szigorítsa a gyanúsított elleni intézkedést.  

Vlagyimir Putyin 2007-ben, akkor még kormányfői poszton, válságmenedzserként állította a közgazdász végzettségű Szergyukovot a védelmi tárca élére, aki a hadsereg reformja miatt szembekerült a tábornoki karral. Anatolij Szergyukov felesége Julija Zubkova, Viktor Zubkov volt orosz miniszterelnöknek, a Gazprom igazgatótanácsa jelenlegi elnökének a lánya.