Vasárnap délelőtt, ammáni ünnepélyes búcsúztatása után, Jordániából helikopteren a Palesztin Hatóság területére, Betlehembe érkezik Ferenc pápa, ahol az elnöki palotában a hatóság vezetőivel, élükön Mahmúd Abbász palesztin elnökkel találkozik. Megbeszélésük után a város főterén, a Születés-bazilika melletti Jászol téren szentmisét celebrál a Palesztinából és Izraelből jött keresztény hívők számára.
Ezt követően a Casa Nova nevű ferences kolostorban palesztin családokkal ebédel, majd meglátogatja a Születés-bazilikában Jézus világra jöttének a keresztény hagyomány által megjelölt helyszínét. Később palesztin menekülttáborok gyermekei köszöntik a katolikus egyház fejét egy kulturális központban, majd a Palesztin Hatóság elköszön tőle, és egy rövid helikopteres utazással Izraelbe távozik.
A zsidó állam vezetői délután a Ben Gurion repülőtéren hivatalos állami szertartással üdvözlik Ferenc pápát, aki fogadása után visszaszáll helikopterébe, és visszautazik a Betlehemtől néhány kilométerre lévő Jeruzsálembe.
Késő délután a pápai látogatás vallási szempontból legfontosabb aktusa következik, amikor zárt ülésen I. Bartolomaiosz konstantinápolyi ökomenikus pátriárkával találkozik, akivel közös nyilatkozatot ír alá.
Ezt követően Jeruzsálemben a Szent Sír bazilikában felelevenítik VI. Pál és Athénagorasz ötven évvel ezelőtti találkozóját, amely a majd ezer éves egyházszakadás utáni első lépés volt a megbékélés felé: Ferenc pápa és I. Bartolomaiosz pátriárka együtt imádkozik a helyi keresztény közösségek képviselőivel. Vasárnap este a pátriárkák és a püspökök közös vacsorája zárja a pápai zarándoklat második napját a jeruzsálemi latin pátriárka palotájának pápai szárnyában.
