Justin – mint a HVG korábbi portréja írta – szinte pontosan kilenc hónappal az után született, hogy a politikában merészségéről ismert apja, Pierre Elliot Trudeau, egy meghökkentő húzással 1971 márciusában feleségül vette a nála 29 évvel fiatalabb, a hippikorszak felszabadultságát képviselő, 22 éves Margaret Sinclairt. Justin úgy emlékszik, hogy szülei imádták egymást, ám a korkülönbség nehezen áthidalhatónak bizonyult, ahogy a könnyed szórakozáshoz szokott Margaret – aki a New York-i Studio 54 diszkó törzsvendége volt, és a Rolling Stones tagjaival bulizott – is nehezen viselte, hogy férje számára az ország ügyeinek intézése fontosabbnak bizonyult családjánál. Még két fiuk született, de 1977-ben különváltak, és a három gyerek az apával maradt. Az idősebb Trudeau ügyelt arra, hogy miniszterelnöki teendői mellett a fiaival minél többet foglalkozzon, és minden este legalább másfél órát csak velük töltsön, de az is előfordult, hogy az állami iskolába járó Justint a protokoll ebédidőben hazaszólította, és II. Erzsébet brit uralkodóval ült egy asztalnál. A legjobban viszont azt szerette a fiú, amikor az 1984-ben a kormányfői posztról lemondott, és a politikától visszavonult Trudeau már csak az apja volt, és tizenévesen közösen mentek kempingezni.

A politikától sokáig távol tartotta magát Justin, aki angol irodalmat tanult a McGill Egyetemen, és tanári diplomát is szerzett. Bár a család az apai nagyapa üzleti vállalkozásainak köszönhetően gazdag volt, tanulmányai alatt – hogy európai utazásait finanszírozza – vadvízi túrákat szervezett, snowboardot oktatott, és egy éjszakai bár kidobóembereként is dolgozott, amiben segített, hogy vékony alkata ellenére többféle sportban is járatos. Ügyességét 2012 márciusában azzal is kamatoztatta, hogy egy jótékonysági ökölvívó-mérkőzésen az előzetes esélylatolgatásokra rácáfolva az utolsó, harmadik menetben technikai KO-val győzött erőteljesebb ellenfele, Patrick Brazeau konzervatív szenátor ellen. A francia nyelvet és drámát tanító Justin akkor vállalt először közéleti szerepet, amikor ifjabbik öccse, Michel 1998-ban síelés közben egy lavina áldozata lett, és az emlékére a téli sportok biztonságát segítő alapítványt hozott létre.