A csapat múzeuma ugyanis azt a benyomást kelti a látogatóban, hogy a klub nagyon megsínylette a nemzetiszocialista rendszer uralmát. A Bayern honlapján pedig arról lehet olvasni, hogy a klubot, zsidó gyökerei miatt, rengeteg hátrányos megkülönböztetés érte Hitler uralma idején. Tény, hogy Kurt Landauer, a klub zsidó elnöke 1933-ban lemondásra kényszerült. Az AFP hírügynökség által is idézett Der Spiegel cikkben viszont Herzog azt állítja, hogy Landauer távozása után a Bayern nagyon is belesimult a fasiszta rendszerbe, ahogy ezt a legtöbb német sportklub is tette.

Herzog a Bayern eddig nem publikált korabeli, közgyűlési jegyzőkönyveire hivatkozik. Nem sokkal a cikk megjelenése után egy másik német történész történelem-hamisítással vádolta Herzogot. Dietrich-Schulze Marmeling azt állította, hogy az 1932-ben még bajnokságot nyert Bayern valójában a hitleri antiszemita politika egyik áldozata volt. Az egykori élcsapat a német hivatalos ranglista 81. helyére zuhant a hátrányos megkülönböztetés miatt. A Bayern vezetősége most úgy döntött, hogy a német történész szakmára bízza a múlt tisztázását. Egy tekintélyes és független kutatókból álló csoport létrehozását kérte. Ők talán ki tudják deríteni, támogatta-e a Bayern a nácikat, vagy ellenkezőleg, az áldozatuk volt. Ez utóbbi jelenleg a klub hivatalos álláspontja.