Seehofer, aki korábban azzal fenyegetőzött, hogy lemond pártelnöki tisztéről és a belügyminiszterségről is, azt is közölte, hogy marad hivatalában, ami azt jelenti, hogy legalábbis átmenetileg, elhárult a Merkel-kormány összeomlásának a veszélye.  „Kemény tárgyalások után megszületett az az alku, amely lehetővé teszi az illegális bevándorlás megakadályozását az osztrák-német határon” – mondta a CDU berlini központjából távozó Seehofer. Berlini források szerint az alku része, hogy tranzitzónákat hoznak létre a határ térségében, s ezekben a központokban könnyebb lesz ellenőrizni a menekülteket.

A Merkel és Seehofer közti vita amiatt alakult ki, hogy a belügyminiszter azt szorgalmazta, azonnal utasítsák ki Bajoroszágból azokat a bevándorlókat, akik korábban már más EU-tagországban beadták menedékkérelmüket. Merkel szerint viszont az EU-tagállamok, s a tagállamokon belüli területi egységek nem fogadhatnak el olyan egyoldalú határozatokat, amelyek károsan érintik a többi tagállamot.

Bár most úgy tűnik, sikerült elhárítani a kormányválság eldurvulását, egyáltalán nem biztos, hogy végleges béke született a két politikus között.  Merkel és Seehofer nézeteltérése ugyanis nem újkeletű, a bajor politikus már 2015-ben is bírálta a kancellár menekültpolitikáját. 2015 végén azt javasolta, hogy 200 ezerben maximálják a beengedett menekültek számát, s végig ellenezte, hogy ez a szám végül megközelítette az egymilliót.

A Süddeutsche Zeitung című napilapnak adott nyilatkozatában Seehofer Európát megosztó döntésnek nevezte a német határok megnyitását, s azt is kifogásolta, hogy a kancellár úgy döntött, beengedi Németországba a Magyarország felől érkező migránsokat. „Ez a hiba még sokáig fogja éreztetni a hatását. Nem tudom ugyanis, hogy lehetne visszakényszeríteni a szellemet a palackba” - idézte Seehofert a Der Spiegel című német hetilap.
A mostani alku létrejöttét az is segíthette, hogy Merkelnek sikerült Seehofert elszigetelnie saját pártjában is. Alexander Dobrindt, a CSU parlamenti csoportjának a vezetője azt mondta, hogy csak akkor derül ki, hogy a hetven éve egységes CDU/SCSU-nak közös a végzete, amikor ennek a bizonyítását egy komoly kihívás követeli ki, míg Markus Söder bajor kormányfő azt hangsúlyozta, hogy a CSU kész kompromisszumokra, s pártnak pillanatnyilag esze ágában sincs kilépni a koalícióból.