Míg a Medgyessy-kormány még gesztusokat tett a szocialista kormányzást már az indulásánál fenntartásokkal kezelő történelmi egyházaknak – például 0,5 százalékról 0,9 százalékra emelte az egyházi egy százalékok után járó költségvetési kiegészítő támogatást –, a Gyurcsány-kormány a nyílt konfrontáció útjára lépett. 2004-es kormányfővé választása után a Vatikánban tett látogatásán Gyurcsány Ferenc „feljelentette” a pápánál a szerinte sokat politizáló magyar püspököket. Kormányzása idején állandósultak, és a Bajnai-kormány idején is folytatódtak a viták az egyházi iskolák támogatásáról. Az Állami Számvevőszék szerint a kormány 3 milliárd forinttal kevesebb támogatást utalt a felekezeti fenntartóknak, mint amennyi járt volna nekik. 2005-ben felgyorsult az egyházi ingatlanrendezés ügye. A katolikusok esetében már csak három ingatlan státusa rendezetlen, a református és evangélikus egyház 26, illetve 39 ingatlanának ügye van még függőben. Az egyház-alapítási szabályok szigorítása többször is napirendre került, döntés azonban nem született. A 2002. évi 103-ról 169-re nőtt az egyházi egy százalékban részesülő szervezetek száma.
