A szlovák közlekedési tárca márciusban jelentette be, hogy megvonják a működési engedélyt a főként charterjáratokra szakosodott légitársaságtól, mivel a kért határidőre nem tudta a pénzügyi helyzetét igazoló dokumentumokat bemutatni. A társaság  hétfőig fellebbezhetett volna, de ezzel a jogával nem élt.
 
Szlovák lapok ugyanakkor azt jelentették, hogy az Air Slovakia egy pozsonyi kerületi bíróságon már benyújtotta a csődkérelmet.  A szlovák média már korábban arról írt, hogy a cég a társadalombiztosítással, illetve üzleti partnerekkel szemben fennálló több millió eurós tartozását nem tudja kiegyenlíteni, és rendőrségi vizsgálat is folyik munkatársai ellen, törvénytelen bérkifizetések miatt.

A szlovák közlekedési minisztérium 2009. szeptemberben a SkyEurope-tól, majd decemberben a Seagle Airtől vonta meg a működési engedélyt. Az Air Slovakia 2007 márciusban abból profitált, hogy riválisa, a Slovak Airlines csődbe ment.