A katolikus egyház sokszínű, mind teológiájában, mind gyakorlatában, s ez megmutatkozik a klérus és a hívek Ferenc pápához való viszonyában is. Vannak feltétlen hívei az egyházfőnek, és vannak – még a püspökök között is – olyanok, akik szinte eretneknek tartják. Az tény, hogy a pápa kikezdte az egyház sok évszázados hierarchiáját, berendezkedését, s távolodott attól az európai teológiai hagyománytól, amely ma is a katolikus tanok dogmatikai alapja. Természetesen vannak olyan hittételek, amelyeken soha nem lép túl, s amelyek a katolikus hit fundamentumát jelentik, mint a Szentháromság, Krisztus feltámadása vagy jelenléte az Oltáriszentségben. Vannak olyan hagyományos értékek is, amelyek mellett a pápa mindig is kiállt, ilyen mindenekelőtt az élet szentsége s ennek nyomán az abortusz, a mesterséges megtermékenyítés vagy a halálbüntetés elítélése. Azt, hogy a halálbüntetés minden körülmények között elítélendő (amit II. János Pál kanonizált), Ferenc pápa is vallja, sőt ő ezen is túllépett: az életfogytiglani büntetést egyenrangúnak tartja a halálbüntetéssel, ezért azt is elutasítja.
Idén nyáron egy liturgiai kérdésben robbantott ki nagy vitát: azzal, hogy egy pápai rendelkezéssel gyakorlatilag fel kívánja számolni az 1572-től érvényes úgynevezett tridenti – azaz latin nyelvű – mise gyakorlatát. Ezt ugyan már az 1962–1965-ben lezajlott második vatikáni zsinat új liturgiával váltotta fel, ám II. János Pál, majd szélesebb körben XVI. Benedek úgy döntött, hogy újra szabad régi típusú misét is tartani. Egy kisebbség ezt az új típusú liturgia éles elutasítására használta fel. Ezt elégelte meg a pápa. A régi rítus szerinti mise betiltásával azonban olyan papokat és híveket is felháborított, akik nem szerették volna a tradicionális misét elhagyni, ám nem tartoztak a pápaellenesek táborába.
Az egyházon belül az egyik legnagobb teológiai vitát Ferenc pápának egy enciklikában megjelent lábjegyzete váltotta ki, amelynek alapján lehetőség nyílt az egyházi házasságot kötött, de elvált és új polgári házasságban élők áldozáshoz járulására. Az egyház tanítása szerint ők bűnben élnek, mert házasságon kívüli szexuális kapcsolatot folytatnak, ám a pápa szerint amennyiben az ilyen párok lelki vezetését végző pap úgy látja, hogy keresztény életvitelt folytatnak, feloldozhatja és megáldoztathatja őket. Ez Ferenc pápa szerint irgalmas cselekedet, azonban ellentmond a sok évszázados gyakorlatnak. Hasonló irgalmasságot mutat a pápa az abortuszon átesettek és a homoszexuálisok iránt is. Miközben az abortuszt továbbra is súlyos bűnnek tartja, azt hangoztatja, hogy „nincs olyan bűn, amelyet Isten irgalmassága ne tudna elérni és megsemmisíteni, ha bűnbánó szívet talál”. A börtönöket, menekülttáborokat, szegénynegyedeket is felkereső pápa a misékbe is bevonja a legelesettebbeket: a nagycsütörtöki szertartásban gyakran közülük választja ki azt a tizenkettőt, akiknek a lábát megmossa.
