Pastorius, aki 1951-ben született Pennsylvaniában, gyerekkorában dobosként kezdte, míg egy sportsérülés miatt fel kellett adja azt a hangszert - a zenéléssel azonban nem szakított. Jazz-rajongó lett, és először nagybőgőzni kezdett, arról váltott basszusgitárra.
A 70-es évek elején-közepén készített lemezeket Pat Metheny-vel, akivel a Miami-i egyetemen ismerkedtek meg, 1976-ban pedig kiadta cím nélküli debütáló szólóalbumát, ami egészen elképesztő sztárparádé - Michael Brecker, Randy Brecker, Herbie Hancock, Hubert Laws, Pat Metheny, Sam & Dave, David Sanborn, és Wayne Shorter játszanak az albumon.
AFP / Leemage / Marcello Mencarini
Még mielőtt megjelent volna első saját lemeze, csatlakozott Weather Reporthoz. "Én vagyok a világ legjobb basszusgitárosa" - a történetírás szerint így prezentálta magát a zenekarvezető, Joe Zawinulnak, aki kért tőle egy demót. Pastorius éppen készülő szólólemeze anyagát küldte el a billentyűsnek - s az igen megggyőzőnek bizonyult. Alfonso Johnson távozása után az 1976-os Black Market című lemezen már Pastoriust és az ő védjegyszerű basszusgitárhangzását hallhatjuk.
Pastorius 6 lemez után 1982-ben hagyta ott a Weather Reportot.
Meglévő mentális problémáit ekkor már egy ideje intenzív alkohol-, és drogfogyasztással tetézte, 1982-ben bipoláris zavarral diagnosztizálták. Egy japán turnén kopaszra vágatta a haját, feketére festette az arcát, majd belevágta basszusgitárját a hirosimai öbölbe. Szólólemezei nem fogytak jól, kiadója kihátrált mögüle. Utolsó sorlemeze az 1981-es Word Of Mouth, utolsó életében kiadott albuma az 1983-as Invitation, ami egy koncertalbum.
1987. szeptember 11-én egy floridai Santana-koncert után kocsmai verekedésbe keveredett egy helyen, ahova nem akarták beengedni - berúgta az üvegajtót, aztán összetűzött a klub kidobóemberével, aki csúnyán elverte a zenészt. A kórházban kómába esett, és hiába tűnt úgy, hogy magához térhet, és, hogy van esély a gyógyulásra, néhány nappal később agyvérzés végzett vele.
