A 42 éves sportoló 2011 januárjában akadt fent egy doppingvizsgálaton, növekedési hormonra bukkantak a mintájában. Veerpalu ezután bejelentette visszavonulását, a nemzetközi szövetség pedig 2011 augusztusában három évre eltiltotta, ám ő a sportdöntőbíróságnál fellebbezett.

A sportdöntőbíróság kedden elfogadta a versenyző keresetét, mert az észt szövetség olyan eljárási hibákat vétett, melyek adott esetben akár pozitív tesztet is eredményezhetnek. Ugyanakkor jelezték: az ügy tanulmányozásakor nagyon sok jel mutatott arra, hogy Veerpalu növekedési hormont használt, és a tesztek eredményét sem vonják kétségbe.

A 2002-ben és 2006-ban is a 15 km-es klasszikus stílusú számban olimpiai aranyérmes Veerpalu valószínűleg nem tér vissza versenyzőként, ugyanakkor a mostani ítélet azt jelenti, hogy edzőként vagy sportvezetőként dolgozhat a sportágban.