A teljesen nyílt forráskódú MKV-t gyakorlatilag a nagy felbontású (720p, illetve 1080p)  filmek szabványos formátumának tekinthetjük. A különböző részekből álló multimédia fájlból az MKVCleaver nevű programmal kiválogathatjuk és külön-külön elmenthetjük a részeket. A programot a fejlesztő weboldaláról lehet letölteni, de ez csak egy grafikus felhasználói felületet ad az MkvToolNix-hez, amit előzőleg telepíteni kell a számítógépünkre.
  
A programmal megnyitott MKV állományról azonnal láthatjuk, hogy milyen video-, hang- vagy feliratfájlokat tartalmaz. Csak ki kell jelölni, hogy ezek közül melyeket szeretnénk kiszedni, és az Extract Tracks gombra kattintva indíthatjuk a műveletet. Párhuzamosan több összetevőt, például a video- és a hangsávot is elmenthetjük. A kimeneti könyvtárban a beállításainknak megfelelően elnevezett fájlnevekkel fognak megjelenni a multimédia állományok.

Gyorsan és kényelmesen beállíthatjuk, mire van szükségünk egy MKV fájlból

Ha videosávot akarunk kiszedni az MKV fájlból, akkor azt is bejelölhetjük, hogy azonnal konvertálja a program a nehezen kezelhető H.264 formátumot a gyakrabban használt AVI kódolásra. Annak ellenére, hogy az alkalmazás eredetileg nagyon sok kódolási eljárást ismer, lehetőség van arra is, hogy egyedi kodekekkel bővítsük.

A Windows alatt működő MKVCleaverrel gyorsan és kényelmesen lehet kibontani a Matroska állományokat, és a még a videokonvertáláshoz sem veszi túlságosan igénybe a számítógép erőforrásait.