Az EU-tagállamok kormányait képviselő Európai Tanács képviselőivel folytatott tárgyalásokon az EP elérte, hogy a Frontex működése során a jövőben az alapjogok tiszteletben tartását külön tisztviselő ellenőrizze. Emellett az alapjogokkal foglalkozó konzultatív fórumot hoznak létre, az EU alapjogi, illetve menekültügyi ügynöksége, az ENSZ menekültügyi főbiztossága és civil szervezetek részvételével.

Az emberi jogok megsértése esetén a Frontex egyes akcióit fel lehet függeszteni vagy véget is lehet vetni azoknak. A Frontexnek humanitárius válsághelyzetekben vagy tengeri mentéskor segítséget kell nyújtania a tagállamoknak.

A tagállamok évente rögzített vállalásokat tesznek, amelyek alapján személyzetet, illetve felszerelést bocsátanak a Frontex rendelkezésére. A hatékonyabbá váló Frontex ugyanakkor maga is vehet vagy bérelhet majd felszerelést, így nem lesz annyira ráutalva a tagállamok közvetlen hozzájárulásaira.