Az ügyészek gondatlanságból elkövetett emberölés, valamint hajótörés és a hajója elhagyása gyanújával nyomoznak a baleset óta, és vizsgálati fogságot javasoltak, egyebek között a szökés és bizonyítékok meghamisításának veszélye miatt. Az illetékes bíró ennek ellenére kiengedte a fogdából Francesco Schettino kapitányt, aki nem tartja bűnösnek magát, sőt a meghallgatásán azt állította, hogy emberek ezreinek az életét mentette meg azzal, hogy a hajóját a baleset után a part közelébe manőverezte.

A kihallgatásán - mint az ügyvédje elmondta - Schettino tagadta, hogy túl közel ment volna a parthoz. Az előírások szerint egy ekkora hajóval 500 méternél nem lehetett jobban megközelíteni Giglio szigetét, de 150 méter közelségbe jutott hozzá. A kapitány azt állítja, hogy a mentés közben a horgonyokkal végzett bonyolult manőverek következtében kerültek oda.

Az ügyészek azzal is gyanúsítják, hogy túl későn adott ki riasztást, és nem rendelte el időben az evakuálást. A parti őrségnél úgy tudják, hogy a legénység "kisebb lázadás" eredményeként maga kezdte meg a mentési munkálatokat és tette meg az előkészületeket a hajó elhagyására, anélkül, hogy a kapitány kiadta volna rá a parancsot. A nyomozás kiterjed arra is, hogy Schettino tényleg elhagyta-e a hajót, amikor még voltak rajta segítségre szoruló utasok. Megvizsgálják azt is, hogy fogyasztott-e tudatmódosító szereket szolgálatban.