Nem sokkal később Fehér Csaba igazgató leváltásáról is döntés született. A történész-igazgatónak a szlovák hatóságok - nem bevallottan - azt róják fel, hogy Never again - Soha többé címmel - Brüsszelben is látható - vándorkiállítása hiteles dokumentumokban mutatta be a Benes-dekrétumok és a kollektív bűnösség elve alapján jogfosztott szlovákiai magyarok kitelepítésének történetét. Most a hatóságok sérelmesnek találták az egyik megyei önkormányzati vezetővel kapcsolatos nyilatkozatát, és a nyelvtörvény megszegésének zavaros vádját varrták a nyakába, szakmai kifogásokat azonban nem tudtak felhozni ellene.

A múzeum jogelődje 1886-ban jött létre. Az intézményt 1919 után a felvidéki magyarság öntudatát, kulturális szervezettségét erősítő, kisebbségvédelmi törekvéseket is megvalósító Jókai Egyesület működtette, s fejlesztette fel a felvidéki magyar művelődés és szellemiség központjává. A II. világháborút követő idők kezdetén honismeretei, majd Duna Menti múzeum néven működött, a Meciar-érában pedig olyannyira megnyirbálták a jogköreit, hogy még a magyar nyelvű feliratokat is eltávolították. 2002 tavaszától eredeti jogalanyiságát visszanyerve az intézmény a Magyar Kultúra és a Duna Mente Múzeumaként folytatta tevékenységét.

Időközben fordult a kocka: az intézményt a szlovák többségű Nyitra megyei önkormányzat többször indokolatlanul, szemmel láthatóan a magyar kultúrára összpontosító tevékenysége miatt bírálta, így azt, ami hétfőn bekövetkezett, előre tudni lehetett. Az MKP már korábban felemelte szavát a várható döntés ellen, amely a párt szerint a magyar kisebbség status quojának csonkolását célzó törekvések része. Fehér Csaba 2005-től állt az intézmény élén, de szakmai, vagy egyéb hibát eddig számos célzatos ellenőrzés során sem találtak a
munkájában.