Az 1991-es első szabad választások után Ramiz Aliát államfővé választották, de egy évvel később lemondott tisztségéből, miután az újonnan alakult Demokrata Párt nyerte meg az 1992-es választásokat.

Enver Hodzsa kommunista diktátor 1985-ben bekövetkezett halála után lett régi barátja, Alia az ország vezetője, előbb mint az Albán Munkapárt főtitkára, 1991-től pedig mint a demokratikus Albánia első köztársasági elnöke.

Két évvel lemondása után, 1994-ben Aliát hivatali hatalommal való visszaélés vádjával kilencévi börtönre ítélték, de rövidesen amnesztiával szabadlábra helyezték. Ezután újabb vádak – népirtás és emberiesség elleni bűntettek – ügyében folyó vizsgálat során ismét rács mögé került.

Amikor 1997-ben a számos albán megtakarításait elnyelő piramisjátékok miatt káosz tört ki Albániában, Alia több más fogollyal együtt kimenekült a börtönből.

A volt elnököt két lánya és fia gyászolja.