A Magyar Közlönyben közzétett és 2013. július 31-én hatályba lépő kormányrendelet szerint a Nemzeti Fejlesztési Ügynökséget a miniszterelnök irányítja, aki ezt a feladatot a Miniszterelnökséget vezető államtitkár útján látja el.

Az MTI érdeklődésére a döntéssel kapcsolatban a Kormányzati Információs Központ korábban azt közölte: "a magyar állam abban érdekelt, hogy a 2014-2020 közötti uniós támogatási periódus lehívását elősegítő struktúra, és ezáltal a lehívás stratégiája az állam számára eredményesebb, az állam és az állampolgárok számára pedig hasznosabb eredménnyel záródjon, mint a Bajnai Gordon irányításával kialakított, majd minisztersége és miniszterelnöksége alatt üzemeltetett rendszer. Ezeket a szempontokat figyelembe véve alakítja ki és alakítja át a kormány ezt a rendszert".

A kormányrendelet alapján a Miniszterelnökséget vezető államtitkár az európai uniós fejlesztési források felhasználásához kapcsolódó fejlesztéspolitikáért való felelőssége körében összehangolja a központi államigazgatási szervek európai uniós támogatási forrásokból finanszírozott országos szintű fejlesztéssel kapcsolatos tevékenységét, és követelményeket dolgoz ki a támogatáspolitikai intézkedésekhez.

A feladatai közé tartozik, hogy összehangolja az európai uniós támogatási források felhasználását, nyomon követi az európai uniós fejlesztési források felhasználásához kapcsolódó fejlesztéspolitikai programok végrehajtására javasolt intézkedések hatásait, és ezekről a kormányt tájékoztatja. Emellett ellátja a Nemzeti Fejlesztési Ügynökség és a közreműködő szervezetek döntéseivel összefüggésben kezdeményezett jogjogorvoslati eljáráshoz kapcsolódó feladatokat, és ellátja Nemzeti Fejlesztési Ügynökség irányításával összefüggő feladatokat, gyakorolja az ahhoz kapcsolódó hatásköröket.

A Nemzeti Fejlesztési Ügynökség vezetésével kapcsolatos feladatokat Lázár János miniszterelnökséget vezető államtitkár kormánybiztosként látja el 2013. augusztus 1. és 2014. május 31. között, és gyakorolja a Nemzeti Fejlesztési Ügynökség elnökének teljes hatáskörét. Az erről szóló kormányhatározat szerint a kormánybiztos tevékenységét a miniszterelnök irányítja, feladata ellátásáért a miniszterelnöknek felelős.

A nemzeti fejlesztési miniszter a jövőben a nem európai uniós fejlesztési források felhasználásához kapcsolódó fejlesztéspolitikáért felel, többi között a beruházás-ösztönzési, a turisztikai célelőirányzat, illetve az innovációs alap forrásait és a pályázatokat lebonyolító közreműködő szervezeteket - például az ESZA-t és a VÁTI-t - felügyeli.

A Nemzeti Fejlesztési Minisztériumnál új államtitkárság alakult, Horváth Attila Imre fejlesztés- és klímapolitikáért, valamint kiemelt közszolgáltatásokért felelős államtitkár vezetésével, és felel a nem uniós forrásokon alapuló fejlesztési célelőirányzatok kezeléséért, a zöldgazdaság fejlesztéséért, valamint hatáskörébe tartozik a területfejlesztés, a klímapolitika és egyes közszolgáltatások szabályozása.

A kormány 2006. július elsején hozta létre a Nemzeti Fejlesztési Ügynökséget a Nemzeti Fejlesztési Hivatal jogutódjaként a hosszú és középtávú fejlesztési és tervezési feladatok, az Európai Unió pénzügyi támogatásainak igénybevételéhez szükséges feladatok ellátására.