Bahlult a guantánamói támaszponton tartott eljárás keretében 2008 novemberében ítélte el egy amerikai különleges katonai törvényszék, miután az esküdtszék bűnösnek találta a jemeni férfit 35 vádpontban, egyebek közt összeesküvésben, emberölésre való felbujtásban és a terrorizmushoz nyújtott anyagi támogatásban.

Fellebbezésében a 42 éves jemeni kétségbe vonta a bíróság legitimitását, valamint a különleges katonai törvényszékek felállítását lehetővé tévő 2006-os törvény jogszerűségét. Emellett aránytalannak tartotta a rá kiszabott büntetést más guantánamói foglyokéhoz viszonyítva, példaként említve bin Laden sofőrjét, Szalím Ahmed Hamdant, aki öt és fél évi börtönt kapott.

Bahlul az első foglyok között érkezett Guantánamóra 2002-ben. Az ügyészek szerint a férfi a kihallgatáskor bevallotta, hogy propaganda videókat készített, amelyekben az Egyesült Államok elleni merényleteket sürgetett, és elintézte, hogy Mohamed Atta, a 2001. szeptember 11-i terrortámadások egyik öngyilkos merénylője hűségesküt tegyen az al-Kaidát vezető Oszama bin Ladennek. A Pentagon azt most sem közölte, hogy az elítélt hol tölti le a büntetését.