Az újonnan megalakuló, a Vám- és Pénzügyőrséget és az APEH-ot integráló, 23 ezer fővel működő szervezetnek egy elnöke és hét elnökhelyettese lesz. Külön elnökhelyettes vezeti majd az adó-, a vám- és a bűnügyi részlegeket, utóbbi szervezeti egységnek továbbra is megmarad a fegyveres testületi jellege.

Négy funkcionális - stratégiai-, informatikai-, az erőforrásokért, illetve a külső kapcsolatokért felelős - elnökhelyettese is lesz az új hivatalnak. A Nemzeti Adó- és Vámhivatalnak különálló környezetvédelmi főosztálya lesz, mely - többek között - a termékdíjakkal, a hulladékhasznosítók ellenőrzésével foglalkozik majd. A központi járőrparancsnokság ezentúl bevetési főigazgatóságként végzi tevékenységét.

A regionális parancsnokságok felosztásában változás nem lesz, kivéve, hogy a nyugat-dunántúli régió székhelye Győrbe kerül. Ezentúl egy igazgatóság egy megyét fed majd le, a határvámhivatalok sem lesznek önállóak, az adott megyei igazgatóság kirendeltségeiként működnek tovább. Az adóhivatalnál már bevált, kiemelt adózókkal foglalkozó igazgatóság mintájára létrehozzák a kiemelt adó- és vám igazgatóságot, melyhez az ügy jellege, vagy az adózó forgalma alapján kerülnek az ügyek.

Az újonnan megalakuló szervezetre történő átállás nem okoz majd fennakadást a vámosok ígérete szerint, január elsején nem kell leállítani az informatikai rendszereket, az új szervezeti egység kódokat ugyanis már integrálták az uniós rendszerekbe. A Vám- és Pénzügyőrség 7200 fős testületéből eddig ötszázan éltek a jelenlegi szolgálati törvény nyújtotta lehetőséggel, s 25 év szolgálati jogviszony után, teljes nyugdíjjal otthagyják év végével az integrálódó szervezetet.