A Pető Intézetben sokan attól tartanak, hogy a fenntartók létszámleépítéssel próbálnak majd – időlegesen – úrrá lenni a helyzeten. A 360 fős intézmény költségvetésének legnagyobb kiadási tételét ugyanis a személyi kiadások jelentik, az intézet mintegy 300 konduktort alkalmaz, a Pető-módszer ugyanis megköveteli, hogy teljes munkaidőben külön, személyenként foglalkozzanak az intézetbe kerülő gyerekekkel.

Az utóbbi egy évben legalább öt pénzügyi igazgatót vett fel a főiskola, de a fenntartó megszorítási terveit látva mindannyian gyorsan feladták, és távoztak. A státusz hónapok óta betöltetlen.

A fenntartó szerepét 2012-ben egy állami tulajdonban lévő kft. vette át a Nemzetközi Pető Közalapítványtól, a közalapítványt pedig megszüntették. Ezzel az intézmény elesett az 1 százalékos szja adományoktól is, jóllehet a támogatási formát a mai napig reklámozzák a Pető Intézet honlapján. Az új fenntartót, a Nemzetközi Pető András Közhasznú Nonprofit Kft.-t Fehér Miklós, kisbéri orvos és Pétermann Csaba egykori ITD-H-s pénzügyi vezető irányítja.

Schaffhauser Franz, a főiskola rektora az Indexnek elismerte, hogy az intézmény nehéz helyzetbe került, és hogy vannak folyó fizetési problémák a beszállítókkal szemben, de megpróbálja kivédeni a főiskola működését befolyásoló megszorítási törekvéseket. Azt mondta, ha leépítésre kerülne sor, akkor elsősorban az adminisztráció, vagy az ellátó személyzet létszámának csökkentésével igyekezne lefaragni a kiadásokon, hogy megkímélje a világhírű módszerrel dolgozó konduktorokat.

A lap úgy tudja, a káeftésítés körül több jogi vita is kialakult, amelyek az Emberi Erőforrás Minisztériumig érnek. A cégvezetés ugyanis azt szerette volna elérni, hogy a Pető Intézethez tartozó ingatlanok kerüljenek a kft. könyveibe, de a vagyonelemek a közalapítvány könyveiben sem voltak rendezett módon bejegyezve, így nem is lehetett őket zökkenőmentesen átadni a Pető Kft.-nek. A nyáron végül a szenátus megszavazta, hogy hajlandóak megválni a telkektől, az épületek helyzetének rendezését azonban azóta sem sikerült megoldani.