„Befejezésül megjegyezzük, hogy a napokban elbírálásra kerülő pályázatok között már megtalálható Bence György, Schmidt Mária, Törzsök Erika s más ismert »ellenzékiek« visszatérő jelentkezése. Ezek preferálása a társelnöki vétóval természetesen megakadályozható, feltehetően újra felmerül azonban a vétójog többszöri alkalmazása folytán Soros György »fenyegetése« (…) a támogatás megszüntetése.”
A felső pártvezetésnek címzett – „Szigorúan titkos” jelzetű –, éberségét bizonygató feljegyzését zárta ekképp az alapítvány társelnöke, Kulcsár Kálmán akadémikus (későbbi igazságügyi miniszter). E dokumentum félévvel azután született, hogy a Magyar Tudományos Akadémia és a Soros Foundation közel egyéves, nagypolitikai játszma végén, 1984 májusában együttműködési szerződést írt alá.

Kényszerházasság volt ez a javából, mivel a nyílt társadalom eszméjét hirdető, s annak kialakulását dollármilliókkal, később milliárdokkal elősegíteni szándékozó Soros György az 1980-as évek elején szülőhazáját tekintette víziója kísérleti terepének. A szovjet zóna „legvidámabb barakkja” az idő tájt szavakban ugyan éppen keményedett, a gyakorlatban azonban folyamatosan puhult, s az általános valutaínség is nagyban hozzájárult ahhoz, hogy a hatalom fontolóra vette „a filantróp tőkés” ajánlatát.
Mivel Magyarországon 1949 óta semmilyen magánalapítvány nem működhetett, az üzletember kompromisszumként elfogadta, hogy a nyílt pályázatokon elnyerhető pénzének odaítélésébe a hatalom is beleszólhasson. „Cserébe” viszont szívós alkudozásokkal elérte, hogy személyes magyarországi képviselője egy 1956-os elítélt, Vásárhelyi Miklós lett, aki a rendszerváltás előtt, majd után (már alapítványi elnökként) is vérbeli diplomataként alkalmazta a húzd meg ereszd meg politikáját. Tárgyalópartnereivel Soros még azt a nyilvánoság-békát is lenyelette, hogy a bírálóbizottság döntéseit – ki, mire és mennyit kapott – az akkor még alacsonyabb példányszámú HVG alkalomról alkalomra közölhesse.
A sok szempontból gúzsba kötve táncoló alapítvány tevékenysége a politikai fellazulás erjesztőjévé vált azáltal, hogy ösztöndíjaival nyugati tanulmányutakat ugyanúgy támogatott, mint társadalomtudományi projekteket (köztük a közelmúlt története szempontjából máig megkerülhetetlen Oral History Archívumot). Arról az „apróságról” már nem is beszélve, hogy az alapítvány - párhuzamosan a kórházi műszerbeszerzésiprogrammal – 1985-ben elindította a fénymásoló-akciót is. Akkortájt csupán néhány tíz, szigorú nyilvántartás és belügyi felügyelet alatt álló masina működött Magyarországon. Noha akkor kizárólag intézmények pályázhattak a xeroxgépekre, a mind nagyobb számban beérkezett másológépek hatékony ellenőrzését az erre szakosodott államvédelem már nem győzte. A rendszerváltást megelőző években már ezernél több gép sokszorosította a mind szabadabb gondolatokat – tudható az alapítvány első tíz évének precíz krónikásától, Nóvé Bélától. Aki az 1999-ben Tény/Soros című monográfiájában nem csak a meghökkentően demokratikus döntéshozatal mechanizmusának kiépülését rekonstruálja, hanem részletesen taglalja a rendre jelentkező konfliktusokat is. Azt például, hogy 1987-ben a napi ügyektől magát már távol tartó Soros ismét ringbe lépett és győzött, amikor elfogadhatatlannak tartotta, hogy a hatalom letiltsa a pályázat- nyertesek listájának közzétételét.

A Fidesz rendszerváltás utáni kaméleonkodásai, Orbán Viktor mind autokratább tettei és a szűnni nem akaró sorosozások nyomán gyakorta elhangzik, hogy mindezekért az alapító is felelős, hiszen egykoron, 1989-ben kiemelten támogatta a fiatal demokratákat, Orbán pedig ugyancsak egy Soros-ösztöndíjnak köszönheti oxfordi, igaz félbeszakított tanulmányait. Csakhogy egykoron a pályázati pénzeket – már csak az életkorukból fakadóan is – a tiszta lappal induló független ifjúsági szervezet tagjai és civil kezdeményezései nyerték el.
A Soros-alapítvány és a Fidesz-alapítók kapcsolatáról, Orbán Viktor oxfordi hónapjairól, de még inkább idő előtti hazatéréséről is mesélnek a hvg360 dokusorozatának szereplői:
Kicsoda Orbán Viktor? V/1.: Egy srác vidékről - A hvg360 dokumentumfilmje
Orbán Viktor személyiségét, viselkedésének gyökereit, az őt befolyásoló legjelentősebb hatásokat és fordulópontokat rendszerezi a hvg360 barátok, kollégák, társak, tanárok emlékezései és rengeteg archív felvétel segítségével.
Az alapítvány az 1990-es évek elejétől, az akadémiai gyámkodástól megszabadulva önállóan bonyolította le programjait (egyebek mellett a Közép-európai Egyetem megalapításában is részt vett). Folytatta a folyóiratok támogatását, a kiadói mecenatúrát, de beindult például az iskolatejprogram, majd a hosszú évekig futó, felzárkóztatást célul kitűző romaprogram.
Soros nem rejtette véka alá, hogy világméretűvé nőtt alapítványi hálózatát nem kívánja örökké fenntartani, 1997-ben például 2010-et jelölte meg a végelszámolás kezdetéül. A magyar részlegnél viszont a milliárdos már az EU-csatlakozást olyan fordulópontnak látta, amely után nincs szükség itt tovább rá. A 2004 után kifuttatott programokat és a budapesti irodát végül 2007 végén zárták be, húsz év alatt több mint 150 millió dollár elköltése után.