Bár eddig hivatalosan semmilyen összefüggést sem mutattak ki, a heves esőzések kísérte El Ninót gyanúsítják azzal, hogy jelentős károkat okoz az ecuadori partoktól ezer kilométernyire fekvő földi paradicsomban élő egyedülálló tengeri fajoknak. 

Eduardo Espinoza, a Galápagosi Nemzeti Park tengeri kutatásainak vezetője szerint az újabb kutatásokkal azt akarják tisztázni, hogy az éghajlat felmelegedése okozza-e az intenzívebb és gyakoribb El Nino-jelenségeket. Október közepén kezdődik az egyedülálló expedíció, amellyel az éghajlati rendellenességet akarják pontosabban meghatározni, és megoltalmazni a Charles Darwin evolúciós elméletét megihlető szigeteket. 

Két éven át hat robot gyűjti majd a Galápagos-szigetek közelében a tenger mélyén az állatfajok élelmének regenerálódásában fő szerepet játszó Cromwell-áramlattal kapcsolatos adatokat. A kutatás szervezője a hadsereg oceanográfiai intézete (Inocar), valamint a WHOL és Scripps amerikai kutatóintézetek. "Az El Nino nyomot hagyott Galápagoson. A hőmérséklet emelkedése miatt eltűnt valamennyi korallzátony" – mondta Wellington Rentería kapitány, az Inocar egyik tagja.

Az óceánok állapotát vizsgáló nemzetközi program (IPSO) és a Nemzetközi Természetvédelmi Világszövetség (IUCN) nemrégiben az óceánok három betegségére hívta fel a figyelmet: a globális felmelegedésre, az óceánok oxigénszintjének csökkenésére és vizének savasodására. A nemzeti park szerint Ausztrália után az UNESCO világörökség listáján szereplő Galápagos-szigetek a világ legnagyobb tengeri rezervátuma, mintegy 133 ezer négyzetkilométerrel. 

1982 és 1998 között az El Ninónak végzetes hatása volt a Galápagos-szigetekre: elpusztultak a korallzátonyok, csökkent a pingvinpopuláció, kihalóban vannak a kormoránok, farkassügérek és iguánok. Egyes fajok éhen haltak, mert ez az éghajlati jelenség csökkenti a vizek reprodukciós képességét. Judith Denkinger, a quitói Szent Ferenc Egyetem tengerkutató intézetének biológusa elmondta, hogy érdekes jelenségre figyeltek fel: az El Nino következtében akár öt centiméterrel is csökkent a tengeri iguánok mérete.  

Az El Nino minden megjelenése után – a jelenség gyakorisága 2-8 esztendő – az állatfajoknak 15-30 évre van szükségük a regenerálódáshoz, a születési és halálozási szám közötti egyensúly helyreállásához. Judith Denkinger szerint a tudósok nem zárják ki, hogy más éghajlati jelenségek is okozhatják a fajok kihalását. A Galápagos-szigetek szakértője szerint a tengeri élet minősége gyorsabban romlik, mint a szárazföldié.