A legújabb ügyben azzal vádolják Musarrafot, hogy személyes felelősség terheli több mint száz ember haláláért, akik az iszlámábádi Vörös Mecset elleni véres katonai akcióban vesztették életüket 2007-ben. Musarraf a hadsereg főparancsnokaként maga rendelte el, hogy a biztonsági erők megrohamozzák a mecsetet, amelybe fundamentalista iszlám fegyveresek több 150 tússzal  elsáncolták magukat. Az ügyben a múlt hónapban indult nyomozás Musarraf ellen. Rendőrségi források szerint a volt államfőt még nem helyezték vád alá, egyelőre gyanúsítottként kezelik. 

Musarraf ismételt letartóztatása mindössze egy nappal azután történt, hogy szerdán a legfelsőbb bíróság jóváhagyta óvadék iránti kérelmét az ellene folyó három másik ügy közül az utolsóban is, ezzel pedig megnyílt volna az út Musarraf április óta tartó házi őrizetének feloldása előtt. A volt elnök ügyvédei azt remélték, hogy Musarraf csütörtökre már szabad ember lesz és elhagyhatja az országot. Ehelyett a politikus házi őrizetét meghosszabbították. 

Pervez Musarraf, aki 1999 és 2008 között volt hivatalban, március végén tért haza önkéntes külföldi száműzetéséből, hogy jelöltesse magát képviselőnek a májusi parlamenti választásokra, végül azonban erre nem kapott engedélyt. Hazatérése után elrendelték előzetes letartóztatását, és április óta fokozott biztonsági intézkedések mellett Iszlámábád külvárosában található villájában tartották házi őrizetben. 

A katonai puccsal hatalomra jutott Musarraf ellen Benazir Bhutto néhai miniszterelnök, illetve Akbar Bugti beludzsisztáni szakadár vezető meggyilkolásával kapcsolatban indítottak büntetőeljárást, valamint amiatt, mert az ügyészség szerint 2007-ben jogellenesen hirdetett ki rendkívüli állapotot és mozdította el állásukból az ország főbíróit.