"Egy amerikai hős fiaként nőtt fel, és aztán saját erejéből lett maga is egy nagy amerikai, a második világháború és a koreai háború bátor katonája" - méltatta őt Barack Obama elnök. Az elnöki párnak John előtt is volt egy gyermeke, Doud, aki azonban háromévesen skarlátban meghalt. Egy évvel később született John, aki végül a pár egyetlen gyermeke maradt. 

Apjához hasonlóan John Eisenhower is katona lett, elvégezte a West Point-i katonai akadémiát, ahol épp azon a napon - 1944. június 6-án - tette le a záróvizsgát, amelyen tábornok apja a szövetséges erők főparancsnokaként parancsot adott a normadiai partraszállásra.

John Eisenhower katonaként részt vett a második világháborúban és a koreai háborúban, és dandártábornoki rangig vitte a hadseregben. Hadtörténészként számos könyvet publikált - egyebek közt az első világháborúról, az Egyesült Államok és Mexikó közti háborúról, az amerikai hadsereg 20. századi fejlődéséről -, emellett segített apjának is megírni emlékiratait a Fehér Házban eltöltött évekről. Richard Nixon elnöksége alatt hazája belgiumi nagykövete volt.

Noha egész életében republikánus volt, saját bevallása szerint a 2004-es elnökválasztáson a demokrata John Kerryre szavazott, nem pedig a republikánus George W. Bush-ra. 

Az elnökfiúnak négy gyermeke született, egy fiú és három lány. Fia - aki a legidősebb - ugyanazt a nevet viseli, mint híres nagyapja, Dwight David Eisenhower, és maga is egy elnökcsaládba nősült be: 1968-ban vette feleségül Richard Nixon későbbi elnöknek a lányát, Julie Nixont.