Mint a dokumentum rámutat, az egész tóban alacsony az algaszaporodást szabályozó növényi tápanyagok koncentrációja: a nitrogénvegyületek és az ortofoszfát-foszfor mennyisége a kimutatási határ közelében van.
Ennek megfelelően az algák mennyisége is kevés, az a-klorofill koncentráció a megengedhető 75 mikrogrammal szemben literenként 6-16 mikrogramm között változik. A lebegő mikroszkópikus algák összetétele is a tiszta vizet indikálja. 
   
A nitrogénhiányra válaszul a Keszthelyi- és a Szigligeti-medencében megjelentek a fonalas, a légköri nitrogént megkötni képes kékmoszatok, a tó többi részén kovamoszatok és páncélos ostoros algák dominálnak. A közlemény szerint az iszapos tófenéken lévő kagylók héja lábsérülést okozhat a fürdőzőknek. 
   
"Kevéssé ismert, hogy a Keszthelyi-medencéből 2006-ban előkerült egy, a hazánkba mintegy harminc évvel ezelőtt behurcolt kagylófaj, az amuri kagyló (Anodonta woodiana), amelynek példányai a tó egyre több helyén fordulnak elő. Ez év nyarán a Keszthelyi-medence egyes területein a kagylónépesség felét már ennek a fajnak az állománya alkotja. Az őshonos kagylófajoknál ellenállóbb és szélesebb ökológiai tűrőképességű amuri kagyló Magyarország és Európa más tájai után végül a Balatont is meghódította. Ez a legnagyobb puhatestű állat Magyarországon, a Tisza vízrendszeréből két kilogrammos példányai is előkerültek. A Balaton élővilágára ennek a fajnak az inváziója nem jelent közvetlen veszélyt, de állományának felmérése és ökológiai hatásainak megismerése a közeljövő fontos kutatási feladata" - hangsúlyozza az MTA BLKI közleménye.