Az Innovációs Alap bevételeinek nagyobbik részét a vállalati befizetések alkotják. A vállalati kritikák szerint a pályázatok kiírása bonyolult, nehezen értelmezhető, esetenként irreálisan rövidek a beadási határidők. Az elbírálás rendje nem látható át, a bírálatok nem nyilvánosak, a pályázók nem kapják meg az elutasítás indoklását, a végső döntést hozó szakértők ismeretlenek maradnak, nem viselnek felelősséget, számos esetben állítólag külföldiek, azaz "nem vonhatóak felelősségre"  - fogalmaz a levél.

Az ügymenet lassú, néhány kivételtől eltekintve hosszú idő telik el a döntés és a szerződéskötés között. A szerződéskötés időszakában is gyakran új feltételek kerülnek bevezetésre - mutat rá a MISZ. Ráadásul a pénzügyi elszámolás túlzottan bürokratikus, sok a felesleges adminisztratív teher. Többszörös, lassú az ellenőrzés, késnek a kifizetések, az utófinanszírozás komoly likviditási gondokat okoz.

Gyakran változnak továbbá még a követelmények, a bekért iratok útja bonyolult és követhetetlen, nem felel meg az adatvédelem követelményeinek. Nem biztosított, vagy legalábbis nem nyilvános a keletkezett közvetlen vagy közvetett gazdasági haszon mérése. A kutatás-fejlesztés és az innovációs tevékenység gyorsaságot, kevés bürokráciát, a szakmai titkok megőrzésének garanciáját kívánja meg. Különleges tevékenység ez, amely nem kezelhető azonosan egyéb termelési vagy infrastrukturális fejlesztési támogatásokkal - húzza alá a minisztereknek írt levél.