A Nemzeti Emlékezet Hivatalának megalakulása előtt az aktákat a szlovák titkosszolgálat kezelte, és vezetőjével kapcsolatban, főleg a '90-es évek közepén, a Meciari érában többször is felmerült a gyanú, hogy aktákat semmisítettek, illetve hamisítottak meg – emlékeztet a Magyar Rádió Online.
Az új hivatal archívuma már csak ezért sem lehet teljes, másrészt egyes szlovák vonatkozású állambiztonsági akták Csehország területén maradtak a szövetségi Csehszlovákia kettéválása után.

A Nemzeti Emlékezet Hivatalának szakemberei azonban állítják, hogy a megsemmisített iratok rekonstruálhatók. Szlovákiában kisebb belpolitikai vihart kavart a hivatal novemberi döntése, hogy az ügynöklistákat a világhálóra is felteszi. A volt kommunista titkosrendőrség kelet-szlovákiai ügynökeinek névsorában olvasható a legnagyobb kormánypárt egyik államtitkárának a neve.

Jan Hurny ugyan tagadja, hogy besúgó lett volna, az egyik napilap felkereste egykori munkatársát, akinek szakmai karrierjét tette tönkre az egykor ügynök, ma államtitkár Hurny. Egy másik eset, a kassai műszaki egyetemen zajlik éppen a napokban, pedagógusok és egyetemi hallgatók követelik az egyik dékán távozását, mert együttműködött a kommunista titkosrendőrséggel. Az érintettek túlnyomó többsége tagad, és perbe akarja fogni az ügynöklistát megjelentető Nemzeti Emlékezet Hivatalát. Bírósági eljárás még nem indult egyetlen egy esetben sem, a nyilvánosságra került tények morális következménye egyelőre megjósolhatatlan.