A 2006 januárjában kezdődött és jórészt zárt ajtók mögött lefolytatott perben 12 évi börtönre ítélték Valerij Kosztenkót és Olekszandr Popovicsot, illetve 13 évi börtönbüntetésre Mikola Protaszovot. Egy negyedik gyanúsított, Olekszij Pukacs rendőr tábornok, aki állítólag megszervezte az újságíró likvidálását, és aki végül megfojtotta őt, valahol külföldön szökésben van. Egy másik koronatanú, Jurij Kravcsenko akkori belügyminiszter pedig 2005 márciusában - a narancsszínű forradalom után - rejtélyes körülmények között meghalt. Hivatalos álláspont szerint a felbujtók ismeretlenek, a volt miniszter pedig öngyilkos lett.

"A gyilkosság felbujtói utáni nyomozást gyakorlatilag leállították" - jelentette ki az üggyel kapcsolatban Gongadze özvegyének ügyvédje.

A vádlottak ügyvédjei igazságtalannak nevezték az ítéletet. "Tekintve, hogy védencem mellékes szerepet játszott az ügyben, az ítélet túl szigorú és igazságtalan" - jelentette ki Protaszov védője. Kosztenko védője közölte, hogy fellebbez a verdikt ellen.

Az Ukrajinszka Pravda című internetes hírportál 31 éves vezetője 2000. szeptember 16-án tűnt el útban kijevi lakása felé. Fej nélküli holttestét két hónappal később találták meg a Kijev megyei Tarascsán, egy erdőben. Meggyilkolása heves tüntetéseket váltott ki az akkori politikai vezetés ellen, amelyet az ellenzék a bűncselekmény elkövetésével vádolt.