A jugoszláv néphadsereg pártonkívüli tisztjének a gyermekeként született 1952-ben egy boszniai kisvárosban. Gyerekkora javát is Boszniában töltötte. Fölkerült Belgrádba, és ott elvégezte az egyetemet filozófia szakon. Független politikai diákmozgalmat szervezett. Ezért elítélték és meghurcolták a pártállami sajtóban. Willy Brandt német kancellár és Heinrich Böll levelet írt az érdekében Titónak. Közbenjárásukra kiengedték őt a börtönből Nyugat-Németországba. Ott emigránsként folytatta filozófiai tanulmányait. A Frankfurti Iskola lelkes követője, Jürgen Habermas tanítványa lett, és 1979-ben PhD-t szerzett filozófiából a koblenzi egyetemen.
Ekkor a kritikai baloldalhoz, a létező szocializmussal szemben kritikus kommunistákhoz és a anarchista csoportokhoz állt közel.
Egy németországi diáktársa úgy emlékszik rá, mint aki nemcsak az értelmi képességeivel emelkedett ki, hanem a vonzerejével is. Tudott élni, neki jutottak a legjobb nők.
1979-ben hazatért. A 80-as években az Újvidéki Egyetemen tanított, és tanulmányokat publikált tekintélyes folyóiratokban.
A 80-as évek végén, amikor a szerb nacionalizmus gyűlölettel teli hangorkánja töltötte be a nyilvánosság tereit, Djindjic emelkedett stílusú esszékben fejtette ki, hogy a nacionalizmus a szakadékba vezeti Jugoszláviát. Akkor vett részt először prominens szereplőként aktuálpolitikai vitában, amikor Koszovó autonóm státuszának megszüntetése ellen érvelt Miloseviccsel szemben. Az egyik kasszandrai érve az volt, hogy ez a precedens a Jugoszláviából való kiválásra késztet majd több tagországot is, amelyek attól tarthatnak, hogy Miosevics velük is megteheti, amit Koszovóval.
A HVG cikke Slobodan Milosevic volt szerb elnök pályafutásáról 2006-os halálakor.
1989 decemberében részt vett a liberális Demokrata Párt megalakításában, 1990-ben pedig a párt ügyvezető elnöke és képviselője lett a Szerb Parlamentben.
A délszláv háború atmoszférájában Djindjic is nacionalista irányba sodródott. Demonstratívan támogatta Radovan Karadzicot és a szerb katonai fellépést Boszniában. A szélsőjobboldali Magyar Demokrata cikkírója 2000-ben a Milosevic elleni demokrata tiltakozást ezzel a képpel igyekezett hitelteleníteni: „Az egész Milosevic-ellenes megmozdulást a háttérből az a Zoran Djindjic irányítja, aki Radovan Karadzic társaságában jót mulatozva sütögette a nyársra húzott ökröt Szarajevó fölött, miközben katonáik ágyúkkal lőtték a várost, a csetnik szabadcsapatok meg talán éppen szerencsétlen muzulmánokat húztak nyársra a szó szoros értelmében.”