A fejlesztési ügynökség felhívja a figyelmet arra, hogy a gazdasági miniszter rendelete alapján kialakított kompenzációs eljárásrend a 2009. június 30-ig beadott projektekre fókuszál azokban az esetekben, amikor a projektgazda nem, vagy csak részben jogosult az áfa levonására, ezért a projektje keretében elszámolható költség, a le nem vonható áfa, és az áfaemelés tényleges költségnövekedést okoz, és amelynek mértéke legalább 5 millió forint. Az értékhatár nem vonatkozik a központi költségvetési szerv kedvezményezettekre, vagy ha a projekt 100 százalékos támogatással valósul meg.

Az NFÜ tájékoztatása szerint az áfa-emelés költségnövelő hatásának bemutatása és a költségnövekedés mértékének alátámasztása a pályázó feladata. Továbbra is elvárás, hogy a projektgazda mindent megtegyen a többletkiadások elkerülése, vagy mérséklése érdekében.