A vasútnál ez a feladat a pályavasút leválasztását, a MÁV érdekeltségébe tartozó 35-40 szétforgácsolt vállalat lehetőség szerinti egységesítését, a 24 Volán vállalat számának csökkentését, egyfajta centralizálását, valamint a közúti és vasúti közlekedés összehangolását jelenti Fónagy szerint.

Kormánybiztosként Fónagy János az Országgyűlés által hétfőn elfogadott személyi közlekedési törvényből eredő feladatok végrehajtását is felügyeli majd, amely az egységes fejlesztéseket, az egységes menetdíj, az egységes menetrend és az egységes kedvezményrendszer kialakítását, valamint az állam által garantált közszolgáltatási minimumok kereteinek kialakítását is jelenti.

Fónagy János szerint jelenleg számos településen a közösségi közlekedés minimuma, vagyis településenként három járatpár sem adott, tehát ennek megteremtése, a feltételek kialakítása is a feladatai közé tartozik majd. Ami a területet korábban irányító közlekedési miniszterek feladatkörétől eltér, hogy a közszolgáltatást biztosító háttéripar lehetőségeinek felkutatásában, koordinálásában is szerepet kell vállalnia - fűzte hozzá.