Az MTI-hez szerdán eljuttatott összefoglaló szerint a vizsgált időszakban a fejezetnél a feladatokat, intézményeket és az előirányzatokat gyakorta, nagyrészt a két kormányváltáshoz (2002., 2004.) kapcsolódóan átrendezték. 2005-re jelentős profiltisztítást hajtottak végre, a Miniszterelnöki Hivatalt vezető miniszter felügyelete alatt csak a hivatal működését biztosító előirányzatok maradtak és egy intézmény. A fejezeti és felügyeleti rendben bekövetkezett változások jogszabályi rendezése esetenként elmaradt vagy késett.  

A változások a fejezet alapintézményét, a miniszterelnök munkaszervezeteként működő MeH-et is érintették. A MeH működését, felépítését szabályozó kormányrendeletet a vizsgált időszak alatt közel 20 alkalommal módosították. Évente több alkalommal határoztak meg újabb feladatokat, szüntettek meg meglévőket, szervezték át azokat más tárcákhoz. Az átszervezések kockázatait ellensúlyozta a MeH szervezeti-gazdasági-személyügyi működtetését biztosító, a
közigazgatási államtitkár irányítása alá tartozó szervezetek stabilitása, a gazdálkodás szabályszerűsége és a belső ellenőrzés tapasztalatainak megfelelő hasznosítása.

A fejezet intézményeinek feladatrendjében, intézményi szerkezetében végrehajtott változások kihatottak a kiadási előirányzatok alakulására is. A kancelláriaminiszter felügyelete alá tartozó előirányzatok esetében a vizsgált időszakban mintegy 80 százalékos volt a csökkenés (118,2 milliárd forintról 21,8 milliárdra).  A tárca nélküli miniszterek, politikai államtitkárok, kormánybiztosok felügyelete alá tartozó fejezeti kezelésű előirányzatok összege, aránya minden évben jelentős volt, 2005-ben megközelítette a 75 százalékot, a vizsgált időszakban összesen mintegy 170 milliárd forint felett rendelkeztek. Összességében az előirányzatok 80 százalékát (216 milliárd forint) a területfejlesztéssel összefüggő célokra fordították.

A fejezet intézményi szerkezetének egyszerűsödése ellenére 13 százalékkal növekedett a MeH létszáma, a személyi juttatások pedig megkétszereződtek. A hivatalnál az állami és egyéb vezetők aránya végig jelentős (28-37 százalékos) volt. A MeH szervezeti és irányítási rendszerét bonyolította, hogy keretei között működnek más fejezetek, szervezetek felügyeletét ellátó tárca nélküli miniszterek, továbbá politikai és címzetes államtitkárok, kormánybiztosok és kormánymegbízottak. Az utóbbiak száma a vizsgált időszakban növekedett (a 2005. év végén hét kormánybiztos volt), ugyanakkor a feladatuknak jogszabályban vagy kormányhatározatban történő meghatározása a kinevezés indokoltságának, célszerűségének megítéléséhez nem mindig volt kellően részletes.

A hivatalnál rendszeresen túllépték a politikai tanácsadók számára vonatkozóan a jogszabályban meghatározott mértéket, továbbá alkalmaztak a jogszabályi előírásoknak nem megfelelő foglalkoztatási formákat, így köztisztviselői feladatokat láttak el nem köztisztviselői státuszban alkalmazottakkal. Kedvező változást jelentett, hogy 2005-ben elvégezték a szellemi tevékenység végzésére irányuló szerződések teljes körű felülvizsgálatát, a feltárt hibák kijavítását, majd kiadták az egységes jogalkalmazási gyakorlatot biztosító belső szabályozást. A személyi juttatások előirányzatai a MeH-nél megduplázódtak. Széles körben alkalmazták a különböző címadományozásokat, ezzel is bővítették a bérezési és a teljesítmény-elismerési lehetőségeket.

A fejezetnél az informatika területén az intézményeket illetően szakmai irányító, felügyeleti tevékenységet nem láttak el, az intézményekre vonatkozó stratégiával nem rendelkeztek. Ugyanakkor az informatikai terület biztonságos működtetése kockázatot hordozó elemeit a vizsgálat tapasztalatai alapján jól kezelték.

Az informatikai feladatok struktúrájában központi szerepet játszott a kormányzati informatikai feladatok koordinálása és az elektronikus kormányzat kialakítása. Az e-kormányzat keretében fontos programok valósultak meg, többek között létrehozták az Elektronikus Kormányzati Gerinchálózat (EKG) országos hálózati alapinfrastruktúráját. Az EKG megteremtette a központi költségvetési szervek közötti korszerű kommunikáció biztosításának feltételeit. A beszerzés előkészítése során nem készítettek érdemi hatástanulmányokat és nem végeztek átfogó elemzéseket, így a kialakított konstrukció állami költségvetésre gyakorolt pénzügyi-gazdasági kihatását nem mérték fel. 

Az ÁSZ korábbi ellenőrzéseinek hasznosulását értékelve, megállapította, hogy a belső kontroll tekintetében továbbra is tapasztalhatók a szervezetre, működésre vonatkozóan szabályozási pontatlanságok, hiányosságok.