Szabadszellemű, asszimilálódott zsidó családban látta meg a napvilágot, apja a híres nyomdász, Kner Izidor volt. Már 1902-től apja gyomai nyomdájában dolgozott, 1904-től Lipcsében a Ma:ser-féle könyvművészeti és tipográfiai szakiskolában mélyítette el tudását. Hazatérve 1907-ben a korban rendkívül modernnek számító családi nyomda műszaki vezetője lett, új üzemcsarnokot építtetett, korszerű nyomdagépeket vásárolt. Művészi hitvallása az volt, hogy a jó tipográfus kizárólag betűkből is képes szép könyvet készíteni, melynek jellemzői az egyszerű kiállítás, a jó papír és a tiszta fekete nyomás.

1912-ben jelent meg a nyomda harmincadik évfordulójára írott műve, a Könyv a könyvről (1912), s ezzel együtt egymás után kerültek ki a családi nyomdából az általa tipografált könyvek, amelyeket a fekete és fehér "színek" kizárólagossága, a betűk egyeduralma jellemzett. Az 1910-es évek nevezetes kiadványai voltak Erdős Renée János tanítvány című színjátéka (1911), illetve Balázs Béla A vándor énekel (1918) című verseskötetének második kiadása. 1914 kora nyarán Kner Imre nyugat-európai körutazásra indult, de a Ferenc Ferdinánd trónörökös és felesége elleni szarajevói merénylet hírére hazatért.

Az első világháború kitörése után bevonult katonának, s egy évig Békéscsabán szolgált. 1916-ban átvette a gyomai könyvkiadó vállalat irányítását is, így a könyvek tervezése és kivitelezése egy kézbe került. 1918-ban, az őszirózsás forradalom idején a Nemzeti Tanács jegyzője volt Gyomán.

A szecessziótól indult Kner Imre a húszas évek elejétől - barátaival, Kozma Lajos építésszel, grafikussal és Király György irodalomtörténésszel szoros együttműködésben - a népi barokk és a klasszicista tipográfia ötvözésével új magyar könyvművészetet teremtett. Hitvallását így fogalmazta meg: "Hitünk az, hogy a modern, géppel készített tömegkönyvnek is meg lehet találni igazi művészi megoldási módját s összekapcsolni azt a könyv legszebb korainak nemes tradíciójával ... ezenkívül meg kell találnunk a módját annak, hogy a könyv nem tisztára szemnek való iparművészeti termék, céltalan dísztárgy legyen, hanem testére szabott köntöse a tartalomnak..."

A míves kiadványok nemcsak Kner Imre rendkívüli formaérzékéről tanúskodtak, hanem a kor divatáramlataival is összhangban voltak, olyannyira, hogy az 1923-ban rendezett göteborgi nyomdászkongresszuson a világ legjobb tipográfusai közé sorolták. Az ebben a korszakban készült könyveket fametszetek, barokk könyvdíszek - rendszerint Kozma Lajos alkotásai - ékesítették. Néhány meghatározó kiadvány a húszas évek elejéről: Három csöppke könyvecske (1920), az évenként megjelenő Almanach, a Magyar Klasszikusok és a Monumenta Literarum kötetei.

Munkásságának harmadik szakasza klasszicizálónak nevezhető. Kiadványaiban az éles kontrasztokat, díszítéseket letisztult, fegyelmezett kompozíció, levegős címlap, Giambattista Bodoni (1740-1813) betűkészlete váltotta fel. Klasszicista tipográfiájának jellegzetes darabjai Az örök Goethe (1932), Szabó Lőrinc Te meg a világ (1933) című verseskötete, a Magyar Bibliophil Társaság kiadványai.

Kner Imre számos szakmai társaságban tevékenykedett. Betöltötte a Magyar Könyv- és Reklámművészek Egyesületének alelnöki tisztségét, s tagja volt a lipcsei első nemzetközi könyvkiállítás (IBA) magyar kiállítási bizottságának is. Az 1937. évi párizsi világkiállításon nagydíjat kapott. A magyar irodalom számos kiválóságával ápolt közeli kapcsolatot, többek között Szabó Lőrinchez fűzték baráti szálak.

Az 1938-as első zsidótörvény megszületése után (amely azt írta elő, hogy a szellemi szabadfoglalkozású pályák állásainak legfeljebb 20 százalékát foglalhatják el zsidók) minden tisztségéről lemondott. A nyomda, amelynek fő üzleti profilja a közigazgatási nyomtatvány volt, csak azért tudta megőrizni helyét a piacon "keresztény" vetélytársaival szemben, mert Kner Imre öccsének és cégtulajdonos társának megvolt a törvény alóli kivételezettséget biztosító két frontharcos kitüntetése. Kner Imrét 1942-ben rövid helyi munkaszolgálatra hívták be, de a nyomdát eközben is irányíthatta. Az ország német megszállása után néhány nappal, 1944 áprilisának elején internálták, a politikától következetesen távolságot tartó Kner valószínűleg rövid 1918-as szerepvállalása miatt került a listára. A budapesti Gyűjtőfogházból a nagykanizsai, majd a sárvári internálótáborba került, ahonnan május 19-én németországi munkára szállították. Az ezt követő eseményekről biztosat nem tudni, halálának pontos időpontja is ismeretlen.

Gyomaendrődön a család nevét viselő múzeumnak Kner Imre egykori lakóháza ad otthont. A népies barokk stílusú házat Kozma Lajos tervezte, és 1970 óta működik benne az ország egyetlen nyomdaipari múzeuma. A Kner-emlékművet (Nagy András és Czigány Edit alkotását) 1982-ben, a nyomda fennállásának századik évfordulóján állították fel Gyomaendrődön, ahol gimnázium is viseli Kner Imre nevét. A neves tipográfusnak Fülep Lajos művészettörténésszel folytatott levelezése 1991-ben jelent meg a Békés megyei levéltár gondozásában.