A NAV-törvény módosításáról szóló előterjesztés általános indoklása szerint ez egy újabb lépés a vám és az adó terület integrációjában a hivatalon belül. A parlament honlapján olvasható dokumentum új típusú szervként nevesíti a NAV középfokú adó- és vámszervét, amely olyan főigazgatóság kormányrendeletben történő létrehozásának lehetőségét biztosítja, amely egyszerre adóztatási szerv és vámszerv.

A javaslat általános indoklása szerint a középfokú adó- és vámszerv irányítása alatt alsó fokú adóztatási szerv(ek) és vámszerv(ek) működnek, de egységes irányítás mellett. Ez a szervezeti megoldás hatékony, összehangolt működést tesz lehetővé, és zavartalanul biztosítja a költségvetési bevételeket is - olvasható az előterjesztésben. 

A javaslat nagyobb részét azok a rendelkezések teszik ki, amelyeknek célja, hogy újabb, az egyes jogállási törvényekben – a közszolgálati tisztviselőkről szóló, valamint a fegyveres szervek hivatásos állományú tagjainak szolgálati viszonyáról szóló törvényben - szabályozott jogintézményeket újraszabályozzon a NAV törvény keretei között, egységesítve a két jogállási törvény rendelkezéseit. A javaslatot ugyanakkor a NAV szervezeti és személyi állományából fakadó különbségekhez igazították.

Újraszabályoznák egyebek között a kormányzati szolgálati jogviszonnyal, illetve a hivatásos szolgálati jogviszonnyal kapcsolatos jognyilatkozatokat, a közlésre, a határidőkre, az elévülésre vonatkozó szabályokat, emellett a kinevezés, illetve a hivatásos szolgálati jogviszony módosításának szabályait, valamint a költségtérítésre, a túlmunkára, a készenlétre, és a szabadságra vonatkozó rendelkezéseket. Az általános indoklás szerint azért van erre szükség, mert közszolgálati tisztviselőkről szóló törvény hatálybalépésével már olyan mértékűek a kormánytisztviselőkre és a pénzügyőrökre vonatkozó szabályok közötti különbségek, amelyek már-már sértik az egy szervezeten belüli egyenlő elbánás elvét. Példaként szerepel, hogy gondatlan károkozás esetén jelenleg a kormánytisztviselő, az ügykezelő négyhavi illetményével felel, míg a pénzügyőr – bizonyos kivételektől eltekintve – csak félhavi illetményével.