A győri Petz Aladár Oktató Kórház csaknem száz beteg elhelyezésére készült fel. A váci Jávorszky Ödön Kórház Sződligetről a Viktor Speciális Otthonból 20, a Kék Duna Idősek Otthonából pedig öt gondozottat fogadott szerdán. 

A dunaújvárosi Szent Pantaleon Kórház-Rendelőintézet szintén helyet biztosít az otthonukat elhagyni kényszerülő krónikus betegeknek, valamint azoknak a művesekezelésre szorulóknak, akiket nem lehet hazavinni. Az esztergomi Vaszary Kolos Kórház 80 ágyon tud fogadni dialízisre szoruló vagy mozgásukban korlátozott betegeket és kismamákat. 

A visegrádi Szent Kozma és Damján Kórház a 11-es út elárasztása miatt megnyitotta saját belső, védett útjait, így biztosítva a stratégiai fontosságú útvonalat. 

A komáromi Selye János Kórház felkészült a kórház esetleges vagy részleges kiürítésére is. A kórházban csütörtökön és pénteken nem lesz egynapos sebészeti tevékenység, a műtéteket a jövő hétre csoportosították át. A nappali kórházi tevékenység szintén szünetel. Ha ki kell üríteni a kórházat, akkor a fekvőbetegeket a kisbéri, a tatai és a tatabányai kórház, valamint az oroszlányi ápolási intézet tudja fogadni. Az intézményben megerősített ügyeleti szolgálatot szerveztek, a konyha élelmiszerkészletét hét napra feltöltötték. Ezzel a folyamatos működésre és az evakuálásra egyaránt felkészültek.

A GYEMSZI folyamatos kapcsolatot tart az érintett intézményekkel. A Duna áradásával fenyegetett területen lévő kórházak felvették, és folyamatosan tartják a kapcsolatot a védelmi bizottságokkal, meghozták a szükséges intézkedéseket, gondoskodnak a megfelelő gyógyszer- és élelmiszertartalékokról, az esetleges áramellátási zavarok áthidalásáról. A GYEMSZI arra kér minden érintettet, hogy otthona elhagyásakor vigye magával állandó gyógyszereit.