Ilyen témák voltak például az azonos neműek házassága, a terhességmegszakítás, vagy az óvszer használatának a tilalma az AIDS elleni küzdelemben. A New Yorkban szerkesztett, jezsuiták által kiadott hetilap mindenféle magyarázat nélkül adott hírt arról, hogy a 60 éves főszerkesztő hét év után június 1-én megválik posztjától.

A főszerkesztőt az utóbbi négy évben szóban és írásban többször is figyelmeztette a Vatikán Hittani Kongregációja, amelynek prefektusa a legutóbbi időkig Joseph Ratzinger német bíboros, a mostani XVI. Benedek volt. A kongregáció korábban már olyan választás elé állította a lapot, hogy menessze a főszerkesztőt vagy cenzúrabizottság fogja vizsgáljni a tartalmát, de a jezsuitákkal folytatott vita után végül mégis engedett. A National Catholic Reporter című független kiadvány szerint a hittételek tiszteletben tartása felett őrködő testület március közepén, vagyis még Ratzinger bíboros pápává választása előtt adott utasítást Reese leváltására.

Utódja a helyettese lesz, aki méltatásában arról írt, hogy Reese megvilágította a vitás témák másik oldalát és hozzájárult ahhoz, hogy a katolikus hírmagazin az aktuális egyházügyi kérdések intellektuális vitafóruma lett az Egyesült Államokban.

Thomas Reese közleményben mondott köszönetet munkatársainak és az olvasóknak, de nem utalt rá benne, hogy távozását kikényszerítették.