Az új uniós alkotmány értelmében változik a jelenlegi - félévente egyországos elnökséget jelentő - rendszer. Ha az alapszerződést a tagállamokban megerősítik, 2007-től egyszerre három ország másfél évre töltené be az elnöki pozíciót. Az EU jelenlegi holland elnöksége a közelmúltban folytatott egyeztetést a tagállamok között a kérdésben, és a távirati iroda értesülései szerint nem hivatalosan már megállapodás született a 2006 utáni sorrendről. A végső szót az EU-tagországok külügyminisztereiből álló, úgynevezett általános ügyek tanácsa mondja majd ki, várhatóan még idén.

Ha az előzetes megállapodás véglegesnek bizonyul, az új tagországok közül várhatóan először Szlovénia lesz az EU elnöke, 2007-től Németországgal és Portugáliával. Magyarország Belgiummal és Spanyolországgal 2010 elejétől 2011 június végéig lenne részese az elnöki trojkának, és annak vezetését az utolsó félévben, tehát 2011 első felében töltené be.

A soros elnökség jelenleg az EU legfontosabb intézményi egysége. Az EU-ban - a nemzeti kormányzatoktól eltérően - ugyanis különválik a döntéshozás és a végrehajtás feladatköre. Míg a végrehajtás szinte kizárólag a központi testületben, a "kormányként" is emlegetett Európai Bizottságban történik, a döntéshozatal a tagországok képviselőiből álló miniszteri tanácsok - mindenekelőtt a külügyminiszteri tanács - feladata. Az egyes tanácsokban viszont kis túlzással az történik, amit az elnökséget adó ország kíván - a soros elnöknek tehát jelentős a befolyása és ennél fogva a felelőssége is.

Kezdetben a létezésének negyvenötödik évében járó Európai Unió elnökségét ábécé sorrendben adták az egyes országok, csak arra ügyeltek, hogy minden állam egyszer januártól júniusig, legközelebb viszont júliustól decemberig legyen elnök. 1993 decemberétől azonban - amikor már eldőlt a skandináv államok és Ausztria belépése - a külügyminiszteri tanács változtatott ezen a rendszeren, mert úgy ítélte meg, szükség van arra, hogy legalább minden harmadik félévben nagy vagy rutinos EU-tagország lássa el az elnöki teendőket.