Kononov 89 éves korában halt meg Oroszország daugavpilsi konzulátusának pénteki közlése szerint. Kononovot 1998-ban egy rigai bíróság bűnösnek találta a háború idején egy lettországi faluban végrehajtott kivégzéssorozat miatt. Kononov egy partizánosztag vezetőjeként, megtorló akció során, ad hoc hadbírósági ítélet alapján kivégeztette Mazo Batu lett falu kilenc lakóját, s ezért 20 havi börtönre ítélték. A volt partizán állította: azért végeztette ki őket, mert fegyveres kollaboránsok voltak, s mint ilyenekkel jogszerűen jártak el.

Az Emberi Jogok Európai Bírósága (EJEB) több évi jogi csatározás után 2010-ben adott helyt a lett fellebbviteli bíróság döntésének. Oroszország teljes mellszélességgel kiállt a volt partizán mellett, az orosz külügyminisztérium élesen bírálta a strasbourgi székhelyű testület állásfoglalását, amely - szerinte - egyet jelent a nácik és segítőik igazolásával.

Oroszországban ma is nemzeti hősként tisztelik Kononovot. 2000-ben Vlagyimir Putyin akkori orosz elnök megadta neki az orosz állampolgárságot, de az idős férfi inkább Lettországban maradt.